De zesde etappe van de Ronde van Italië 2016 wordt gereden op 12 mei 2016 van Ponte naar Roccaraso. De etappe is 157 kilometer lang en heeft een aankomst bergop.
Na een twintigtal kilometer ontstaat de vlucht van de dag met Eugert Zhupa, Aleksandr Kolobnev en Alessandro Bisolti. Bisolti kwam als eerste boven op de Bocca della Selva, een col van tweede categorie. In het peloton, dat op een zestal minuten volgde, kwam bergtrui Damiano Cunego als eerste boven. Het peloton komt na de col terug tot op een minuut van de koplopers. Kolobnev laat zich inlopen. Zhupa en Bisolti gaan door. Er komt een achtervolging van drie renners: ploegmaats Tim Wellens en Pim Ligthart en de Luxemburger Laurent Didier. Op 63 kilometer van de meet smelten de koplopers samen. Ze hebben op dat moment een voorsprong van iets meer dan vijf minuten op het peloton.
De voorsprong bedraagt maximaal negen minuten. Bij aanvang van de slotklim naar Roccaraso op 18 kilometer van de finish hebben de vijf leiders 7 minuten voorsprong. Ligthart moet als eerste lossen. Hij was degene die het meeste werk opknapte in de ontsnapping voor zijn ploegmaat Wellens. Het is Didier die het eerste demarreert op 15 kilometer van de meet. Zhupa en Bisolti moeten er ook af. Wellens gaat op en over Didier solo de laatste 14 kilometer in. Zhupa en Bisolti sluiten weer aan bij Didier. Wellens behoudt aan de aankomst ruim anderhalve minuut over op de eerste favorieten. Roze trui Dumoulin wordt vierde. Nibali en Landa verliezen een twintigtal seconden op de andere favorieten.