Per quanto riguarda il calcio, i campionati vengono interrotti e la sede della F.I.G.C. viene spostata a Milano. La Federazione, nella stagione 1943-1944, organizza alcuni tornei di guerra a cui prende parte anche il Legnano.
In particolare, i Lilla vengono inseriti nel girone D della Serie C Alta Italia, un torneo misto II Zona che viene predisposto dal Direttorio II Zona (Lombardia)[1]. Il Legnano vince, con 22 punti, il girone a otto squadre (a cui partecipano società del legnanese) e poi si aggiudica con 13 punti il girone finale a sei squadre, a cui prende parte altre compagini lombarde. Il girone finale viene però interrotto ad una giornata dal termine per motivi contingenti, visti i ripetuti allarmi diurni per i bombardamenti aerei.
Durante la stagione 1943-1944 il Legnano disputò il primo e unico derby della città del Carroccio organizzato in un campionato della F.I.G.C.: nel torneo regionale indetto dal Direttorio II Zona (Lombardia) i Lilla incontrarono in una doppia sfida la Robur Legnano, che sconfissero 3 a 1 in casa e 2 a 1 in trasferta.
^abGestito dal Direttorio II Zona (Lombardia) che ha organizzato il torneo inserendo anche squadre appartenenti alla Serie C, Prima, Seconda Divisione regionale più alcune squadre della Sezione Propaganda i cui tornei non potevano essere riorganizzati. Tutti i libri di Fontanelli erroneamente attribuiscono a questo girone la valenza di "Campionato di Serie C" quando effettivamente sui comunicati ufficiali conservati dal Comitato Regionale Lombardia il torneo è definito in tutt'altro modo perché "misto", non a categoria unica, essendo sospesi i campionati ufficiali.
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