리보핵산가수분해효소 III

Ribonuclease III
리보핵산가수분해효소II 도메인
PDB 1yyw EBI.jpg
이중 가닥 RNA와 상호작용하는 리보핵산가수분해효소 III 구조.
식별자
기호.RNase_III
팜PF00636
인터프로IPR000999
프로 사이트PDOC00448
SCOP21jfz / SCOPe / SUPFAM

리보핵산가수분해효소 III(RNase III 또는 RNase C)([1]BRENDA 3.1.26.3)는 dsRNA를 인식하고 특정 표적 위치에서 분해하여 성숙한 RNA로 변환하는 리보핵산가수분해효소이다.[2]이들 효소는 RNase III [3]도메인으로 표시된 리보핵산가수분해효소 도메인으로 특징지어지는 엔도리보핵산가수분해효소 그룹이다.이들은 세포 내 어디에서나 볼 수 있는 화합물이며 RNA 전구체 합성, RNA 사일링, pnp 자동 [4][5]조절 메커니즘과 같은 경로에서 중요한 역할을 한다.

RNAase III의 종류

RNase III 슈퍼패밀리는 1, 2, 3, 4개의 기존 클래스로 나뉩니다.각 클래스는 도메인 [6]구조에 의해 정의됩니다.

클래스 1 RNase III

  • Class 1 RNase III 효소는 dsRNA를 여러 서브유닛으로 분해하는 기능을 하는 균질체 구조를 가진다.그것은 Mg 의존성2+ 엔도핵산가수분해효소이며 주로 박테리아와 박테리오파지에서 발견된다.Class 1 RNase III는 [7]시아노박테리아로부터의 수평 유전자 이동의 결과로 의심되었던 글로머미코탄 균류에서 발견되었다.이 세분류의 RNase III 중에는 대장균의 rnc가 있다.전형적으로 클래스 I 효소는 단일 RNase III 도메인(RIIID)에 이어 dsRNA 결합 도메인(dsRBD)[6]을 갖는다.그들은 리보솜 RNA(rRNA), 작은 핵 RNA(snRNA) 및 작은 핵 RNA(snoRNA)의 전구체를 처리한다.Class 1 RNase III의 기본 dsRNA 분할 기능은 존재하는 대부분의 생물에서 유지된다.하지만, 많은 종에서 기능이 바뀌었고 다른 또는 추가적인 생물학적 [8]역할을 맡았다.
Rnc (UniProtKB P0A7Y0) - E.Coli - 이 RNase III는 dsRNA 상의 여러 영역을 분할하여 바이러스 전사물 및 일부 mRNA의 처리에 관여한다.이 분열은 리보솜 단백질의 [9]존재에 의해 영향을 받을 수 있다.
Mini-II라고 불리는 클래스 1 RNase III의 분산은 균질체 효소이며 RNase III [10]도메인으로만 구성되어 있다.

클래스 2 RNase III

복가닥 RNA 복합체 내 사카로미세스 세레비시아에 유래한 클래스 2 리보핵산가수분해효소 III(Rnt1p)
  • 클래스 II는 N 터미널 도메인(NTD), RIID 및 dsRBD의 존재로 정의됩니다.Class II는 몇몇 곰팡이 [6]종에서 발견된다.이들은 rRNA, snRNA 및 snoRNA의 전구체를 처리합니다.
클래스 2 RNase III [11]도메인을 가진 효모핵산가수분해효소:
RNT1(UniProtKB Q02555) - S. cerevisaee - 이 RNase III는 rDNA의 전사 및 처리, 말단 루프의 분열을 통한 U2 snRNA의 3' 말단 형성, 세포벽 응력 반응 및 분해, 형태 형성 검사점 유전자 [12]조절에 관여한다.
Pac1 (UniProtKB P22192) - S. pombe - 이 RNase III는 효모 뉴클레아제의 염색체 II에 위치하며, 과도하게 발현될 경우 불임성, 짝짓기 효율의 결여, 비정상적인 유사분열 세포 주기 및 [13]유기체의 돌연변이 억제에 직접적으로 관여한다.

클래스 3 RNase III

DGCR8 단백질의 C 말단 나선형 2개와 복합체 내 인간 드로샤 리보핵산가수분해효소 결정구조.
  • Class 3 RNases III는 마이크로RNA(miRNA)[14]에 대한 전구체의 성숙에 기능하는 것으로 알려진 Drosha 효소군을 포함한다.

클래스 4 RNase III

  • Class 4 RNase III는 RNA 간섭(RNAi)[15]에서 기능하는 것으로 알려진 다이서 계열의 효소를 포함한다.클래스 4 III RNase는 S-RNase 성분이다.장미과, 솔라나과, 플랜타기나과의 자기부적합계 성분이다.그들은 다양한 환경 스트레스 [16]시나리오에 대처하기 위해 모집된다.
  • 다이서 효소는 dsRNA 기질을 21~27뉴클레오티드 길이의 [17]개별 크기의 작은 RNA 조각으로 처리한다.다이서에는 N 말단 헬리케이스/A가 있습니다.알 수 없는 함수의 다른 도메인이 이어지는 TPase 도메인.또한 중앙에 위치한 PAZ 도메인과 1개의 dsRBD 및 2개의 RNase III 촉매 [18]도메인을 포함하는 C-terminal 구성으로 구성됩니다.다이서의 상호작용은 TRBP, PACT,[19] Ago2를 포함한 다른 단백질과 함께 일어난다.Dicer에 의해 생산되는 RNA는 RNAi와 [17]관련된 경로를 통해 동족 유전자의 특정한 침묵의 연속에 대한 가이드 역할을 한다.

RNase III 도메인을 포함하는 인간 단백질

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ Filippov, Valery; Solovyev, Victor; Filippova, Maria; Gill, Sarjeet S. (7 March 2000). "A novel type of RNase III family proteins in eukaryotes". Gene. 245 (1): 213–221. doi:10.1016/S0378-1119(99)00571-5. PMID 10713462.
  2. ^ Zamore, Phollip D. (December 2001). "Thirty-Three Years Later, a Glimpse at the Ribonuclease III Active Site". Molecular Cell. 8 (6): 1158–1160. doi:10.1016/S1097-2765(01)00418-X. PMID 11885596.
  3. ^ Conrad, Christian; Rauhut, Reinhard (February 2002). "Ribonuclease III: new sense from nuisance". The International Journal of Biochemistry & Cell Biology. 34 (2): 116–129. doi:10.1016/S1357-2725(01)00112-1. PMID 11809414.
  4. ^ Inada, T.; Nakamura, Y. (1995). "Lethal double-stranded RNA processing activity of ribonuclease III in the absence of SuhB protein of Escherichia coli". Biochimie. 77 (4): 294–302. doi:10.1016/0300-9084(96)88139-9. PMID 8589060.
  5. ^ Park, Hongmarn; Yakhnin, Helen; Connolly, Michael; Romeo, Tony; Babitzke, Paul; Gourse, R. L. (15 December 2015). "CsrA Participates in a PNPase Autoregulatory Mechanism by Selectively Repressing Translation of Transcripts That Have Been Previously Processed by RNase III and PNPase". Journal of Bacteriology. 197 (24): 3751–3759. doi:10.1128/JB.00721-15. PMC 4652041. PMID 26438818.
  6. ^ a b c 량 Y-H, 라보 M, 코모 M-A, Elela SA, Ji X.진핵생물 RNase III 분해 후 복합체의 구조는 기질 선택을 위한 이중 자 메커니즘을 드러낸다.분자전지. 2014;54(3):431-444.doi:10.1016/j.molcel.2014.03.006.
  7. ^ 이순재, 멍쉬안 콩, 폴 해리슨, 모하메드 히즈리; 관절근균 Rhizoglomus irregulare의 RNA 간섭 시스템의 보존된 단백질은 Glomycota, Genome Biology and Evolution, ev002, https://doi.org/10.1093/gbe/evy002의 진화 역사에 대한 새로운 통찰력을 제공합니다.
  8. ^ Kreuze, Jan F.; Savenkov, Eugene I.; Cuellar, Wilmer; Li, Xiangdong; Valkonen, Jari P. T. (1 June 2005). "Viral Class 1 RNase III Involved in Suppression of RNA Silencing". Journal of Virology. 79 (11): 7227–7238. doi:10.1128/JVI.79.11.7227-7238.2005. ISSN 0022-538X. PMC 1112141. PMID 15890961.
  9. ^ "rnc - Ribonuclease 3 - Escherichia coli (strain K12) - rnc gene & protein". www.uniprot.org. UniProt Consortium. Retrieved 5 November 2016.
  10. ^ Glow, D.; Pianka, D.; Sulej, A. A.; Kozlowski, Lukasz P.; Czarnecka, J.; Chojnowski, G.; Skowronek, K. J.; Bujnicki, J. M. (2015). "Sequence-specific cleavage of dsRNA by Mini-III RNase". Nucleic Acids Research. 43 (5): 2864–2873. doi:10.1093/nar/gkv009. ISSN 0305-1048. PMC 4357697. PMID 25634891.
  11. ^ Wu, Chang-Xian; Xu, Xian-Jin; Zheng, Ke; Liu, Fang; Yang, Xu-Dong; Chen, Chuang-Fu; Chen, Huan-Chun; Liu, Zheng-Fei (1 April 2016). "Characterization of ribonuclease III from Brucella". Gene. 579 (2): 183–192. doi:10.1016/j.gene.2015.12.068. PMID 26778206.
  12. ^ "RNT1/YMR239C Overview". www.yeastgenome.org. Stanford University. Retrieved 5 November 2016.
  13. ^ "pac1 (SPBC119.11c)". www.pombase.org. EMBL-EBI. Retrieved 5 November 2016.
  14. ^ Filippov V, Solovyev V, Filippova M, Gill SS (Mar 2000). "A novel type of RNase III family proteins in eukaryotes". Gene. 245 (1): 213–221. doi:10.1016/S0378-1119(99)00571-5. PMID 10713462.
  15. ^ Bernstein E, Caudy AA, Hammond SM, Hannon GJ (2001). "Role for a bidentate ribonuclease in the initiation step of RNA interference". Nature. 409 (6818): 363–6. doi:10.1038/35053110. PMID 11201747. S2CID 4371481. closed access
  16. ^ Rojas, Hernán; Floyd, Brice; Morriss, Stephanie C.; Bassham, Diane; MacIntosh, Gustavo C.; Goldraij, Ariel (1 July 2015). "NnSR1, a class III non-S-RNase specifically induced in Nicotiana alata under phosphate deficiency, is localized in endoplasmic reticulum compartments". Plant Science. 236: 250–259. doi:10.1016/j.plantsci.2015.04.012. PMID 26025538.
  17. ^ a b MacRae, Ian J; Doudna, Jennifer A (February 2007). "Ribonuclease revisited: structural insights into ribonuclease III family enzymes". Current Opinion in Structural Biology. 17 (1): 138–145. doi:10.1016/j.sbi.2006.12.002. PMID 17194582.
  18. ^ Redko, Yulia; Bechhofer, David H.; Condon, Ciarán (June 2008). "Mini-III, an unusual member of the RNase III family of enzymes, catalyses 23S ribosomal RNA maturation in B. subtilis". Molecular Microbiology. 68 (5): 1096–1106. doi:10.1111/j.1365-2958.2008.06207.x. PMID 18363798.
  19. ^ Nicholson, Allen W. (January 2014). "Ribonuclease III mechanisms of double-stranded RNA cleavage". Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA. 5 (1): 31–48. doi:10.1002/wrna.1195. PMC 3867540. PMID 24124076.
  20. ^ "Tissue expression of DICER1 - Summary". www.proteinatlas.org. The Human Protein Atlas. Retrieved 5 November 2016.
  21. ^ "Tissue expression of DROSHA - Summary". www.proteinatlas.org. The Human Protein Atlas. Retrieved 5 November 2016.
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