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O Comando do 3º Distrito Naval possui 15 Organizações Militares diretamente subordinadas na área de sua jurisdição. |
 Órgãos Operativos:
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ERMN - Estação Radiogoniométrica da Marinha em Natal. |
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GPTFNNA - Grupamento de Fuzileiros Navais de Natal. |
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COMGPTPATNAVNE - Comando do Grupamento de Patrulha Naval do Nordeste.
 Meios Operativos:
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P-122
Navio-Patrulha "Araguari" |
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P-42
Navio-Patrulha "Graúna" |
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P-40
Navio-Patrulha "Grajaú" |
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P-43
Navio-Patrulha "Goiana" |
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P-41
Navio-Patrulha "Guaíba" |
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P-75
Navio-Patrulha "Macau" |
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R-23
Rebocador de Alto-Mar "Triunfo" |
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 Órgãos de Apoio:
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BNN - Base Naval de Natal. |
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CeIMNa - Centro de Intendência da Marinha em Natal . |
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EAMCE - Escola de Aprendizes-Marinheiros do Ceará. |
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EAMPE - Escola de Aprendizes-Marinheiros de Pernambuco. |
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HNNA - Hospital Naval de Natal. |
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HNRE - Hospital Naval de Recife. |
Órgãos que exercem Atividades Subsidiárias:
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SSN-3 - Serviço de Sinalização Náutica do Nordeste.
 Meio Operativo:
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Navio Hidrográfico Balizador "Comandante Manhães" |
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CPAL - Capitania dos Portos de Alagoas. |
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AgPenedo - Agência Fluvial de Penedo |
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CPCE - Capitania dos Portos do Ceará. |
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AgCamocim - Agência da Capitania dos Portos em Camocim |
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AgAracati - Agência da Capitania dos Portos em Aracati |
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CPPB - Capitania dos Portos da Paraíba. |
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CPPE - Capitania dos Portos de Pernambuco. |
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CPRN - Capitania dos Portos do Rio Grande do Norte. |
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Agência da Capitania dos Portos em Areia Branca |
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