A Pró-Reitoria de Pesquisa, Pós-graduação e Inovação (PROPPI) é responsável por planejar, desenvolver, articular, acompanhar e avaliar a execução das políticas de pós-graduação, pesquisa e inovação, em consonância com diretrizes e regulamentações institucionais e/ou governamentais, promovendo ações que garantam a integração entre ensino, pesquisa, inovação e extensão. A PROPPI tem como responsável o Pró-reitor, com agenda pública disponibilizada, e que preside o Conselho Acadêmico de Pesquisa, Inovação e Pós-graduação (CAPOG).
Fazem parte da estrutura da PROPPI a Coordenação Geral de Pós-Graduação (CGPG), a Diretoria Adjunta de Pesquisa (DPESQ) e sua unidade subordinada Coordenação-Geral de Programas de Pesquisa (CGPQ), e a Diretoria da Agência de Inovação (DIRAGI) e suas unidades subordinadas Coordenação-Geral de Transferência de Tecnologia e Propriedade Intelectual (CTPI) e Coordenação-Geral de Parcerias, Prospecção e Empreendedorismo (CGPEM).
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