Ambientada nos anos de 1950, a novela conta a história de Marcos (Thiago Fragoso) que tem o dom de prever o futuro. Ele mora em uma fazenda no interior de São Paulo com os pais, Ana (Vera Holtz) e Jacó (Stênio Garcia), e o irmão mais novo, Lucas (Henrique Ramiro). Já adulto, se muda para Barra Funda, conhece Sônia (Paolla Oliveira) e os dois se apaixonam.
Baby (Juliana Didone) e Tony (Daniel Ávila) vivem um amor que contraria as famílias do casal. No início da história, ele é um adolescente revoltado, que não gosta de ter responsabilidades. Ao se apaixonar por Baby, no entanto, Tony muda completamente.
Clóvis (Dalton Vigh) é o grande vilão da história. Viúvo de Laura (Carolina Kasting) e dono da fábrica de cristais onde Sônia (Paolla Oliveira) e Camilo (Malvino Salvador) trabalham. Sonha conquistar Sônia, mas ela não se rende aos seus presentes e convites. É ambicioso e vê nos poderes de Marcos (Thiago Fragoso) uma oportunidade de negócios.
O Profeta teve cenas gravadas em São José dos Ausentes, no Rio Grande do Sul. A infância de Marcos (Thiago Fragoso), a vida na fazenda ao lado dos pais, Ana (Vera Holtz) e Jacó (Stênio Garcia), e a morte do irmão, Lucas (Henrique Ramiro), foram algumas das sequências feitas na região.
A atriz Nicette Bruno fez uma participação especial no primeiro capítulo de O Profeta, como Cleide, uma mulher misteriosa que, ao conhecer Marcos ainda menino, percebe seu dom. O nome da personagem foi uma homenagem dos autores à Ivani Ribeiro, que se chamava Cleide. O personagem Marcos quando criança foi interpretado pelo ator Gabriel Moura.
Além do Olhar, interpretada por Ivo Pessoa, foi o tema de abertura de O Profeta. Sucessos de Elis Regina, Gal Costa. Erasmo Carlos, Zeca Pagodinho e Cauby Peixoto fizeram parte da trilha sonora da novela.