Idi na sadržaj

MIS18BP1

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
MIS18BP1
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

1WGX

Identifikatori
AliasiMIS18BP1
Vanjski ID-jeviOMIM: 618139 MGI: 2145099 HomoloGene: 10147 GeneCards: MIS18BP1
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 14 (čovjek)
Hrom.Hromosom 14 (čovjek)[1]
Hromosom 14 (čovjek)
Genomska lokacija za MIS18BP1
Genomska lokacija za MIS18BP1
Bend14q21.2Početak45,203,190 bp[1]
Kraj45,253,540 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 12 (miš)
Hrom.Hromosom 12 (miš)[2]
Hromosom 12 (miš)
Genomska lokacija za MIS18BP1
Genomska lokacija za MIS18BP1
Bend12|12 C1Početak65,179,508 bp[2]
Kraj65,219,378 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije


Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija vezivanje sa DNK
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Ćelijska komponenta hromosom
Primarno suženje
jedro
nukleoplazma
Biološki proces Ćelijska dioba
ćelijski ciklus
GO:0061641 CENP-A containing chromatin assembly
GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_018353

NM_172578

RefSeq (bjelančevina)

NP_060823

NP_766166

Lokacija (UCSC)Chr 14: 45.2 – 45.25 MbChr 12: 65.18 – 65.22 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

MIS18-vezujući protein 1 je protein koji je kod ljudi kodiran genom MIS18BP1.[5][6][7] Gen je poznat i kao LKNL2, M18BP1, C14orf106 i HSA242977.[5] MIS18A (618137), MIS18B (OIP5; 606020) i MIS18BP1 čine kompleks MIS18. MIS18 posreduje u transportu novosintetiziranog centromernog proteina A (CENPA) u centromerama. (Fujita et al., 2007).

Gross (2018) locirao je gen MIS18BP1 na hromosomskoj poziciji 14q21.2, na osnovu poravnavanja sekvence MIS18BP1 (GenBank BC051885) sa genomskom sekvencom (GRCh38).[8]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 1.132 aminokiseline, a molekulska težina 129.085 Da.[9].

1020304050
MIATPLKHSRIYLPPEASSQRRNLPMDAIFFDSIPSGTLTPVKDLVKYQN
SSLKLNDHKKNQFLKMTTFNNKNIFQSTMLTEATTSNSSLDISAIKPNKD
GLKNKANYESPGKIFLRMKEKVLRDKQEQPSRNSSLLEPQKSGNNETFTP
NRVEKKKLQHTYLCEEKENNKSFQSDDSSLRASVQGVPLESSNNDIFLPV
KQKIQCQQEKKAPLHNLTYELPTLNQEQENFLAVEARNKTLTRAQLAKQI
FHSKESIVATTKSKKDTFVLESVDSADEQFQNTNAETLSTNCIPIKNGSL
LMVSDSERTTEGTSQQKVKEGNGKTVPGETGLPGSMKDTCKIVLATPRLH
ITIPRRSKRNISKLSPPRIFQTVTNGLKKNQVVQLQEWMIKSINNNTAIC
VEGKLIDVTNIYWHSNVIIERIEHNKLRTISGNVYILKGMIDQISMKEAG
YPNYLIRKFMFGFPENWKEHIDNFLEQLRAGEKNREKTKQKQKTGRSVRD
IRKSMKNDARENQTDTAQRATTTYDFDCDNLELKSNKHSESPGATELNMC
HSNCQNKPTLRFPDDQVNNTIQNGGGDDLSNQELIGKKEYKMSSKKLKIG
ERTNERIIKSQKQETTEELDVSIDILTSREQFFSDEERKYMAINQKKAYI
LVTPLKSRKVIEQRCMRYNLSAGTIKAVTDFVIPECQKKSPISKSMGTLE
NTFEGHKSKNKEDCDERDLLTVNRKIKISNLEKEQMLTSDFKKNTRLLPK
LKKIENQVAMSFYKHQSSPDLSSEESETEKEIKRKAEVKKTKAGNTKEAV
VHLRKSTRNTSNIPVILEPETEESENEFYIKQKKARPSVKETLQKSGVRK
EFPITEAVGSDKTNRHPLECLPGLIQDKEWNEKELQKLHCAFASLPKHKP
GFWSEVAAAVGSRSPEECQRKYMENPRGKGSQKHVTKKKPANSKGQNGKR
GDADQKQTIKITAKVGTLKRKQQMREFLEQLPKDDHDDFFSTTPLQHQRI
LLPSFQDSEDDDDILPNMDKNPTTPSSVIFPLVKTPQCQHVSPGMLGSIN
RNDCDKYVFRMQKYHKSNGGIVWGNIKKKLVETDFSTPTPRRKTPFNTDL
GENSGIGKLFTNAVESLDEEEKDYYFSNSDSA
Simboli

Kloniranje i ekspresija

[uredi | uredi izvor]

Koristeći tečnu hromatografiju sa tandemskom masenom spektrometrijom, Fujita et al. (2007) identificirali su MIS18BP1 kao komponentu kompleksa MIS18 u ekstraktima HeLa ćelija. Protein MIS18BP1 sadrži Myb / SANT domenu koja može vezati DNA i ima izračunatu molekularnu masu od 129 kD. Identificirali su ortologe MIS18BP1 kod svih pregledanih kičmenjaka, ali ne i kod drugih eukariota, uključujući i S. pombe. Analiza imunofluorescencije otkrila je da je MIS18BP1 lokaliziran na centromernoj telofazi-G1 u transficiranim ćelijama HeLa.[10]

Funkcija gena

[uredi | uredi izvor]

Koristeći masenu spektroskopiju, imunoprecipitaciju i 2– i 3-hibridne analize kvasca, Fujita et al. (2007) otkrili su da su ljudski MIS18-alfa, MIS18-beta i MIS18BP1 tvorili MIS18 kompleks. Analiza imunofluorescencije potvrdila je da su se sva tri proteina kolokalizirala u centromerama u HeLa ćelija, ovisano o ciklusu. Kolokalizacija se dogodila tokom mitotskog izlaza koji je započeo u anafazi/telofazi, a proteini su ostali povezani tokom rane G1-faze. Analiza nokdauna posredstvom RNK posredovanja u HeLa ćelijama pokazala je da je ljudski kompleks MIS18 presudan za poravnavanje metafaza i pravilnu segregaciju hromosoma. Centromerna lokalizacija tri proteina MIS18 bila je bitna za naknadno regrutovanje de novo sintetiziranog CENPA. Analiza mutacije otkrila je da je konzervirani motiv MIS18-alfa potreban za ispravnu lokalizaciju i funkciju proteina MIS18. Inhibicija histonskih deacetilaza poboljšala je regrutaciju novosintetiziranog CENPA u ćelijama osiromašenim MIS18 , oviso o dozi, pokazujući da je centromerni histon potrebno acetilirati prije taloženja CENPA na centromere. Pored toga, MIS18-alfa, MIS18-beta i MIS18BP1 međusobno su ovisili o lokalizaciji centromere. Nokdaun bilo kojeg od tri proteina MIS18 ukinuo je regrutaciju centromere novo sintetiziranog CENPA, praćeno defektima kao što su neusklađeni hromosomi, pogrešno anafazno razdvajanje i mikrofaze.

Analizom ekspresije u čelijama HeLa, Spiller et al. (2017) pokazali su da je N-terminalna regija MIS18BP1 dovoljna za direktnu interakciju s MIS18A-MIS18B da formira kompleks MIS18. Testiranje in vitro potvrdilo je da je MeDiY domen MIS18A, a ne MIS18B, direktno komunicirao sa N-terminalnom regijom MIS18BP1. Međutim, MIS18A-MIS18B MeDiY-ni heterodimer vezao je MIS18BP1 snažnije od samog MIS18A MeDiY, što ukazuje da MIS18A MeDiY ostvaruje dodatne kontakte s MIS18BP1, u prisustvu MIS18B MeDiY ili da MIS18B MeDiY jača vezivanje MIS18A MeDI1.[11]

Utvrdili da su četiri kopije MIS18A i dvijekopije MIS18B formirale heteroheksamer koji je povezao dvije kopije MIS18BP1, da bi se formirao heterooktamerni MIS18 kompleks. Heteroheksamer MIS18A-MIS18B sastavljen je od heterotrimera formiranih preko C-terminalnog alfa-heliksnih domena MIS18A i MIS18B, koji su zatim sastavljeni u heteroheksamer putem MeDiY interfejsa za dimerizaciju. Ovaj je takođe bio potreban za vezivanje dvije kopije MIS18BP1, da bi se formirao MIS18 hetero-oktamer i za taloženje CENPA na centromeri. Dva konsenzusna mjesta CDK1 fosforilacija unutar N-terminalne regije MIS18BP1 bila su direktno uključena u vezivanje MIS18A-MIS18B, što ukazuje na to da sklop MIS18 kompleksa i centromerna lokalizacija vjerovatno reguliraju CDK1 na način ovisan o [ćelijski ciklus|[ćelijskom ciklusu]].

Modelni organizmi

[uredi | uredi izvor]
Fenotip Mis18bp1 nokaut-miša
Svojstvo Fenotip
Vijabilnost homozigota Nenormalno
Studija recesivne letalnosti Nenormalno
Plodnost Normalno
Tjelesna težina Normalno
Test otvorenog polja: anksioznost Normalno
Neurološka procjena Normalno
Snaga stiska Normalno
Test vruće ploče Normalno
Dismorfologija Nenormalno
Indirektna kalorimetrija Normalno
Test tolerancije glukoze Normalno
Slušni odgovor moždanog stabla Normalno
DEXA Normalno
Radiografija Normalno
Tjelesna temperatura Normalno
Morfologija oka Normalno
Klinička hemija (nalaz) Normalno
Plazmatski imunoglobulini Normalno
Hematologija Normalno
Leukociti periferne krvi Normalno
Mikronukleus test Normalno
Težina srca Normalno
Histopatologija oka Normalno
Salmonella infekcija Normalno[12]
Citrobacter infekcija Normal[13]
Svi testovi i analize su iz [14][15]

U proučavanju PNPO funkcije, korišteni su modelni organizmi. Uvjetna linija nokaut-miševa, zvana Mis18bp1 [16][17] generirana je kao dio programa Međunarosnog konzorcija za miševe – visokopropusnog projekta mutageneze za generiranje i distribuciju životinjskih modela bolesti zainteresiranim naučnicima.[18][19][20]

Muške i ženske životinje prolazile su standardizirani fenotipski skrining, kako bi se utvrdili efekti delecije.[14][21] Od 24 izvedena testa ina mutantnim miševima, uočene su tri značajne abnormalnosti.[14] Tokom gestacije, nije utvrđen homozigotni mutantni embrion, pa tako nijedan nije preživio do odvikavanja. Preostali testovi su izvedeni na mutiranim heterozigotnim odraslim miševima; nisu opažene nikakve dodatne značajne abnormalnosti kod ovih životinja.[14]

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000129534 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000047534 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b "MIS18 binding protein 1". Pristupljeno 4. 12. 2011.
  6. ^ Maddox PS, Hyndman F, Monen J, Oegema K, Desai A (Mar 2007). "Functional genomics identifies a Myb domain-containing protein family required for assembly of CENP-A chromatin". J Cell Biol. 176 (6): 757–63. doi:10.1083/jcb.200701065. PMC 2064049. PMID 17339379.
  7. ^ Fujita Y, Hayashi T, Kiyomitsu T, Toyoda Y, Kokubu A, Obuse C, Yanagida M (Jan 2007). "Priming of centromere for CENP-A recruitment by human hMis18alpha, hMis18beta, and M18BP1". Dev Cell. 12 (1): 17–30. doi:10.1016/j.devcel.2006.11.002. PMID 17199038.
  8. ^ Gross, M. B. Personal Communication. Baltimore, Md. 10/22018.
  9. ^ "UniProt, Q6P0N0". Pristupljeno 27. 7. 2021.
  10. ^ Fujita, Y., Hayashi, T., Kiyomitsu, T., Toyoda, Y., Kokubu, A., Obuse, C., Yanagida, M. Priming of centromere for CENP-A recruitment by human hMi18-alpha, hMis18-beta, and M18BP1. Dev. Cell 12: 17-30, 2007. PubMed: 17199038
  11. ^ Spiller, F., Medina-Pritchard, B., Abad, M. A., Wear, M. A., Molina, O., Earnshaw, W. C., Jeyaprakash, A. A. Molecular basis for Cdk1-regulated timing of Mis18 complex assembly and CENP-A deposition. EMBO Rep. 18: 894-905, 2017. PubMed: 28377371
  12. ^ "Salmonella infection data for Pnpo". Wellcome Trust Sanger Institute.
  13. ^ "Citrobacter infection data for Pnpo". Wellcome Trust Sanger Institute.
  14. ^ a b c d Gerdin AK (2010). "The Sanger Mouse Genetics Programme: High throughput characterisation of knockout mice". Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. doi:10.1111/j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID 85911512.
  15. ^ Mouse Resources Portal, Wellcome Trust Sanger Institute.
  16. ^ "International Knockout Mouse Consortium". Arhivirano s originala, 3. 4. 2012. Pristupljeno 27. 7. 2021.
  17. ^ "Mouse Genome Informatics".
  18. ^ Skarnes, W. C.; Rosen, B.; West, A. P.; Koutsourakis, M.; Bushell, W.; Iyer, V.; Mujica, A. O.; Thomas, M.; Harrow, J.; Cox, T.; Jackson, D.; Severin, J.; Biggs, P.; Fu, J.; Nefedov, M.; De Jong, P. J.; Stewart, A. F.; Bradley, A. (2011). "A conditional knockout resource for the genome-wide study of mouse gene function". Nature. 474 (7351): 337–342. doi:10.1038/nature10163. PMC 3572410. PMID 21677750.
  19. ^ Dolgin E (2011). "Mouse library set to be knockout". Nature. 474 (7351): 262–3. doi:10.1038/474262a. PMID 21677718.
  20. ^ Collins FS, Rossant J, Wurst W (2007). "A Mouse for All Reasons". Cell. 128 (1): 9–13. doi:10.1016/j.cell.2006.12.018. PMID 17218247. S2CID 18872015.
  21. ^ van der Weyden L, White JK, Adams DJ, Logan DW (2011). "The mouse genetics toolkit: revealing function and mechanism". Genome Biol. 12 (6): 224. doi:10.1186/gb-2011-12-6-224. PMC 3218837. PMID 21722353.

Dopunska literatura

[uredi | uredi izvor]