| 行政院公平交易委員會主任委員 | 湯金全（2007年2月1日－2009年7月31日；任期制的獨立機關，不受內閣改組影響） |
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| 行政院公共工程委員會主任委員 | 范良銹（2008年5月20日－2011年3月31日，政務委員兼任） |
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| 行政院消費者保護委員會主任委員 | 邱正雄（2008年5月20日－2009年9月10日，行政院副院長兼任） |
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| 中央選舉委員會主任委員 | 張政雄（2004年6月16日－2009年11月3日；任期制的獨立機關，不受內閣改組影響） |
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| 行政院飛航安全委員會主任委員 | 吳靜雄（2005年8月12日－2010年5月24日） |
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| 北美事務協調委員會主任委員 | 朱文祥代理（2008年2月20日－2009年5月12日） → 邵玉銘 （2009年5月13日－2012年5月20日） |
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| 國家通訊傳播委員會主任委員 | 彭芸（2008年8月1日－2010年8月10日；任期制的獨立機關，不受內閣改組影響） |
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| 行政院新聞局局長兼行政院發言人 | 史亞平（2008年5月20日－2008年12月31日） → 蘇俊賓（2008年12月31日－2010年2月24日） |
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| 行政院主計處主計長 | 石素梅（2008年5月20日－2016年5月20日） |
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| 行政院人事行政局局長 | 陳清秀（2008年5月20日－2009年9月10日） |
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| 中央銀行總裁 | 彭淮南（1998年2月25日－2018年2月25日 ；任期制部會機關，不受內閣改組影響） |
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| 臺灣省政府主席 | 蔡勳雄（2008年5月20日－2009年9月10日，政務委員兼任） |
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| 福建省政府主席 | 薛香川（2008年5月20日－2009年9月10日，行政院秘書長兼任） |
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| 行政院中部聯合服務中心主任 | 蔡勳雄（2008年5月20日－2010年2月24日，政務委員兼任） |
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| 行政院南部聯合服務中心主任 | 蔡勳雄（2008年5月20日－2010年2月24日，政務委員兼任） |
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| 行政院東部聯合服務中心主任 | 蔡勳雄（2008年5月20日－2010年2月24日，政務委員兼任） |
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| 國立故宮博物院院長 | 周功鑫（2008年5月20日－2012年7月29日） |
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