核心精神

1872年3月9日馬偕博士由滬尾(淡水)登陸，隨即展開傳道醫療生涯。6月1日，馬偕博士在他的寓所開始為人診療。1879年3月15日馬偕博士購置醫院土地，並於次年(1880年)運用美國一位同姓的馬偕船長遺孀，為紀念丈夫所捐款美金三千元建立了偕醫館，這是台灣北部第一間西式醫院。該醫院的建立，使台灣民眾受惠無窮，如今該建築物仍完整存在原址。

1884年8月5日中法戰爭爆發，法軍炮擊基隆港,10月1日法艦隊在淡水港口炮擊淡水，民眾與士兵死傷不少。在危險困境中，馬偕博士於偕醫館收容許多傷兵，此為台灣第一次展開類似紅十字會之救傷工作。這一所基督教小醫院繼續不斷地維持其工作約二十年之久，直到1901年6月2日馬偕博士逝世，才暫時關閉。

1905年11月3日，宋雅各醫師/牧師(Dr. and Rev. J. Y. Ferguson)夫婦抵淡水，隔年(1906)停診已五年的偕醫館，在宋醫師手中重新恢復醫療傳道的工作。 偕醫館的聲望逐漸普及到每一角落，從各地湧來的病人，都爭著要來這間西式醫院接受治療。為因應實際的需要，宋醫師與宣教師吳威廉牧師積極計劃醫院未來的發展。

1911年秋天，宋醫師提議將醫療中心由淡水遷到台北（即中山北路總院的現址），並將醫館命名為「馬偕紀念醫院」，以紀念馬偕博士一生之偉大行跡與其宣教事業。同年，烈以利姑娘(Miss Isabel Elliot)來台，隨即成立護理部，擔任護士長，並開辦「看護婦學」負責訓練護士。台灣北部最早的護士，大都是此時期訓練出來的。

位於台北市中山北路的馬偕紀念醫院擴建於1912年12月26日落成，宋雅各醫師為首任院長。

1918年6月醫院因世界大戰的影響，藥品短少、醫護人員缺乏而停辦。1924年戴仁壽醫師(Dr. G. Taylor)夫婦，重新展開醫療的工作。當時求診的病人中，有許多是痳瘋病人，這些病人的痛苦引起了戴醫師的注意及關心，於是在八里著手籌設癩病醫院，由於當地人仕反對，戴醫師曾被脅迫藏於山區，幸蒙上帝帶領，『樂山園』於1934年4月30日順利落成，並同時開院。

醫院於戰爭結束後，得到聯合國重建救濟委員會，紅十字會及加拿大援華會等直接間接的援助，於1946年8月，以李達莊醫師為院長重行開設，馬偕紀念醫院再次負起了醫療的使命，善盡教會醫院的職責，積極關懷弱勢族群的醫療需求，並以「那裡有需要，就到那裡去」為依歸。

1953年曾為兒童開設沙眼兒童眼疾免費治療；1955年提撥貧戶病床，收容病倒黎民；1961 年在貧民窟作巡迴醫療，協助貧困病人就醫；1966年2月16日開設台灣首創之「小兒痲痺重建中心」，每天備有專車至大街小巷接送小兒痲痺患者，由親切又有耐心的專業人員為患者做物理治療，教導他們學習如何使用鐵鞋與柺杖，並包括遊戲、美藝、音樂等輔助教育，在台灣醫療保險制度未臻健全時期，中心所提供的服務，不但分擔許多家庭的重擔，溫暖許多父母的心房，也讓小小患者對自己的未來充滿自信與期待。

1969年醫院的經濟尚處在貸款度日的困境中，仍對偏遠山區醫療盡一份心力，在太平山17個原住民部落巡迴義診。當時醫院為讓部落遇緊急需要醫療時能夠應付處理，在每一個村莊遴選一男一女送回醫院訓練，男的學習急救課程，女的授予助產的技術，學成之後，醫院提供醫療用品，讓他們回到自己的部落，在緊急情況發生時能應急。1979年7月15日台北市撫遠街發生嚴重的瓦斯爆炸案，由於氣爆威力驚人，現場居民傷亡極為慘重，倖存者大多全身重度燒傷。部分病人由於燒燙程度過於嚴重，情況危急，許多醫院都拒收而轉入本院，許多家屬惟恐仍遭拒收，一進醫院馬上跪地哀求。當時馬偕同仁秉持一貫「愛人如己」的精神，無論受傷嚴重程度，一概緊急救治，全體動員投入與死神搏鬥的行列，雖然仍有許多傷患不治死亡，馬偕人的熱忱卻獲得家屬與社會大眾極大的讚揚。

1990年設立安寧病房，並推展提昇癌症末期病人及家屬生活品質的概念；1996年開辦小金門巡迴醫療服務，1998年台東院區實施「蘭綠計畫」每月定期前往蘭嶼、綠島服務原住民同胞； 1999年9月21日大地震，本院第一時間組織二十一人的急難醫療隊，克服重重困難，傍晚七點多抵達埔里基督教醫院協助搶救傷患，馬偕員工也捐款一千萬以上經費，協助災後重建。2000年7月起，定期每月二次，選定不同的原住民部落，辦理巡迴醫療服務，並自 2001年5月起，為擴大對原住民部落服務，醫院開始於尖石鄉提供駐診醫療，即每週週一至週五，皆維持一位家醫科醫師及三位護理人員在山上駐診，每天提供原住民社區早、午、夜三個時段門診，以改善當地居民看病需長途跋涉下山的窘境。

2003年SARS肆虐，2003年4月24日，和平醫院封院，翌日下午本院立即啟動醫院緊急應變計畫，成立緊急應變小組全面應戰。當時，疾病管制局蘇益仁局長指出：「馬偕醫院是目前國內負壓隔離病房最多、最好的醫院，淡水有42間，台北有16間，顯示該院的用心。」

2009年，莫拉克颱風侵台，造成中南部及東南部嚴重水災，2009年8月13日，馬偕心靈關懷團出發，社服室、精神科和院牧部的同工，帶著藥材和簡單的補給品啟程，前往高雄旗山，執行「八八水災心靈關懷」的任務。台東馬偕也前往受創嚴重的壢坵村、達瑪蘭村、金崙村等原住民部落，提供醫療支援及空投藥品等服務，並協助因家園受創嚴重或是因道路中斷無法順利出院的病人，得以安置並提供送餐及心靈關懷工作。 

2015年6月27日晚間，新北市八仙樂園發生粉塵爆炸意外，馬偕紀念醫院台北及淡水兩院區隨即啟動「大量傷患機制」，醫療團隊急速返院協助處理如潮水湧來的傷患。當晚台北院區急診收治24名、淡水院區急診收治59名，兩院區共83人，為收治最多傷者的醫院，且多數為燒傷超過50％的民眾。院牧部為醫療團隊及家屬準備三餐，馬偕醫療團隊，日以繼夜，傾注全力，為「寧願燒盡，不願鏽壞」精神，提供現代版的最佳寫照。

2023年4月17日 馬偕紀念醫院舉辦一場與過去不同的醫療團出發授旗儀式，不同之處在於這次醫療團的目的地是仍在戰火之中的烏克蘭，醫療團於當晚出發至波蘭再轉車前往烏克蘭執行為期共10天的醫療團任務，成為首支前進烏克蘭提供醫療實質幫助的醫療團隊，期間除加入當地行動醫療站義診外，另有開刀房示範手術及醫療教學，返台後接受蔡英文總統的接見及表揚。