Decreto nº 358 – de 14 de agosto de 1845: Autoriza o Governo a estabelecer Capitanias de Portos nas Províncias marítimas do Império. Hei por bem Sancionar e Mandar que se execute a seguinte Resolução da Assembleia Geral Legislativa:
Art. 1º – O Governo é autorizado a estabelecer uma Capitania do Porto em cada Província marítima do Império, onde semelhante estabelecimento parecer necessário.
§ 1º – Cada Capitania deverá compor-se de um Chefe Oficial Superior da Armada, com o título de Capitão dos Portos, que perceberá vencimentos e mais vantagens de embarcado em navio de guerra, e de um Secretário, que terá o ordenado de quatrocentos mil réis.
§ 2º – Nas Províncias, onde houver Arsenal de Marinha, servirá de Capitão dos Portos o respectivo Inspetor e de Secretário um dos Empregados do Arsenal.
Tanto um como outro poderão ter uma gratificação, que não exceda a quatrocentos mil réis.
Art. 2º – Compete ao Capitão dos Portos: 1º – a polícia naval do Porto, e seus ancoradouros, na forma dos Regulamentos que organizar o Governo e bem assim o melhoramento e conservação do mesmo Porto; 2º – a inspeção e administração dos faróis, Barcas de Socorros, Balizas, Boias e Barcas de escavação;
3º – a matrícula da gente do mar e das tripulações empregadas na navegação e (tráfego) do Porto e das Costas, praticagem destas e das Barras.

Art. 3º – O Secretário da Capitania será encarregado de todo o expediente dela e perceberá os emolumentos que lhe marcar o Governo.
Art. 4º – As questões de Polícia Naval, prejuízos ou danos causados pelos navios entre si dentro do porto, serão decididas sumariamente pelo Capitão do Porto. Desta decisão não haverá recurso algum, quando o valor não exceder a cem mil réis. Fora deste caso, quando qualquer das partes não quiser estar pela decisão, será o negócio levado a um Conselho, composto do Capitão dos Portos, do Auditor de Marinha, e do Oficial Comandante mais graduado dos navios da Estação; suprindo nas Províncias o lugar de Auditor um dos Juízes de Direito. A falta do Comandante da Estação será preenchida por qualquer outro oficial de Marinha, ainda que reformado seja, ou por um Capitão de navio mercante, sendo estes, bem como o Juiz de Direito, nomeado pelos Presidentes das Províncias. A decisão do Conselho será definitiva.
Art. 5º – Os Patrões-mores serão subordinados aos Capitães dos Portos.
Art. 6º – O Governo fica autorizado a impor multas aos infratores dos Regulamentos, que fizer em virtude desta Lei.
Art. 7º – Ficam revogadas as leis e disposições em contrário. Antônio Francisco de Paula e Hollanda Cavalcanti de Albuquerque, do Meu Conselho, Ministro e Secretário de Estado dos Negócios da Marinha, o tenha assim entendido e faça executar. Palácio do Rio de Janeiro em quatorze de agosto de mil oitocentos quarenta e cinco. Vigésimo quarto da Independência do Império. Com a Rubrica de sua Majestade o Imperador. Antônio Francisco de Paula e Holanda Cavalcanti de Albuquerque.
Em consequência do citado decreto surgiu o primeiro Regulamento para as Capitanias dos Portos, o qual se apresentava desta maneira:
 

Decreto nº 447 – de 19 de maio de 1846: manda pôr em execução o Regulamento para as Capitanias dos Portos.
“Conformando-me com o parecer das Seções de Guerra e Marinha, e de Fazenda do Conselho d'Estado, emitido em Consulta de vinte e quatro de dezembro do ano próximo passado: Hei por bem aprovar o Regulamento por elas apresentado paras as Capitanias dos Portos, mandadas estabelecer nas diversas Províncias do Império pelo Decreto número trezentos e cinquenta e oito de quatorze de agosto de mil oitocentos e quarenta e cinco; e ordeno que se observe o mencionado Regulamento, que com este baixa, assinado por Antônio Francisco de Paula e Holanda Cavalcanti d'Albuquerque, do Meu Conselho, Ministro e Secretário d'Estado dos Negócios da Fazenda, e interinamente encarregado dos da marinha, que assim o tenha entendido, e faça executar com os despachos necessários, Palácio do Rio de Janeiro em dezenove de maio de mil oitocentos e quarenta e seis. Vigésimo quinto da Independência e do Império. Com a rubrica de Sua majestade o Imperador. Antônio Francisco de Paula e Holanda Cavalcanti de Albuquerque”.
A estrutura organizacional básica da Capitania Fluvial de Minas Gerais, contida no Regulamento das Capitanias, Capitanias Fluviais, Delegacias e Agências, foi aprovada pela Portaria n° 54 de 31 de Agosto de 2011 do Comando de Operações Navais.