散裝蛋未經處理，表面可能有細菌殘留
究竟買蛋回家後，在處理上有什麼細節需要注意呢？台大醫院兒童感染科主任黃立民曾受訪表示，由於沙門氏菌主要存在於動物腸道中，因此常見於動物糞便，而雞下蛋的地方通常又與其排便處相近，造成蛋的外殼容易遭到污染，若消費者在買回蛋後未清洗乾淨，廚房用具、烹飪空間也很有可能也會連帶受到污染。
另外，黃立民醫師提到，若消費者買散裝蛋回家後未先清潔蛋殼表面，就直接打蛋，或是不小心把蛋掉落地面後蛋殼裂開，不僅會污染蛋液，當中的蛋液都可能被污染，若又長時間放在室溫中，更會導致細菌大量繁殖，造成食用者罹病。
農委會：散裝蛋放入冰箱前經水洗，恐破壞蛋殼保護層而長黴斑
針對市面販售雞蛋，農委會表示，若買的蛋為洗選蛋，則代表已經過專業洗選，雞蛋是乾淨的，可以直接放入冰箱保存。農委會建議，購買附有台灣優良農產品標章（CAS）驗證的雞蛋，有經嚴格檢驗，且流通、販售流程都在低溫的環境，品質較有保障。
另一方面，由於雞蛋表層有防止微生物污染的保護層，若購買非洗選蛋，除了應挑選蛋殼完整、乾淨無髒污的雞蛋外，買回家後，可用乾淨的軟布輕輕擦拭，再置入冰箱保存；再者，蛋殼上有許多氣孔，亦有一層「護膜」可防止細菌滲入，若不當清洗反而會破壞護膜，導致雞蛋變質，在儲藏期間長「黴斑」，保存期限也會縮短，因此不可用水洗。
此外，黃立民醫師也受訪說明，要預防沙門氏菌感染，必須在處理食材前將雙手洗乾淨，並且要將蛋煮熟，避免食用生蛋或半熟蛋，以降低感染風險；而一般消費者最常遇到的異常蛋狀況，就是因運輸而造成的裂殼蛋，因裂痕而於貯存期間受微生物黴斑汙染所致，稱之為霉斑蛋，這類的蛋則是建議不要食用。
除了說明散裝蛋的正確清洗方式外，農委會也針對某些民眾對於打蛋後所看到的「血點」做說明，表示血點的出現為母雞排卵過程中，血液或上皮組織移至蛋黃或蛋白處所致，並隨蛋的形成包覆於蛋殼內，雖不影響食品安全，但會影響保存期限，依照CAS洗選蛋標準應剔除此類雞蛋。
另外，興大有機農夫市集臉書粉專亦撰文指出，「血斑蛋」中的血絲或血點，是因為雞蛋的生成過程中，源自母雞的卵巢或輸卵管輕微出血，血液滲到卵黃上，再被包裹到蛋殼中所致，並不存在安全問題，也不會影響營養，只要經過烹調後仍可食用。
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