Thảo luận:Hybridization probe
Thêm đề tàiChất lượng dịch
[sửa mã nguồn]Có người đặt bảng thông báo chất lượng dịch với dòng "xin xem lý do ở trang thảo luận". Nhưng khi vào trang này thì không đọc được lý do. Không rõ phần hỗn loạn ở bên dưới có phải là lý do không? - Trần Thế Trung | (thảo luận) 11:11, 13 tháng 10 2006 (UTC)
- Chưa kịp viết lý do đã có người nào sửa tiêu bản chất lượng dịch soi kỹ quá. Dưới đây là sơ qua lý do:
- hash table dịch là "bảng đã làm hỏng", lẽ ra phải là bảng băm.
- Hamming distance chỉ dịch là "khoảng cách", lẽ ra phải là khoảng cách Hamming.
- Một số chỗ còn xen lẫn tiếng Anh chưa dịch hết.
- ...
- Từ đó tôi không tin tưởng chất lượng dịch của bài này, nhất là các thuật ngữ tin học và tin-sinh học. Nguyễn Thanh Quang 11:46, 13 tháng 10 2006 (UTC)
- Hơn 30 phút sau khi đặt tiêu bản thì có lời giải thích. Xin đọc Wikipedia:Giữ thiện ý. Nói trước là tôi không thích chuyện người khác nói mình đi soi kỹ ai. Khi bạn làm bất cứ cái gì trên Wikipedia thì sẽ có người khác nhìn thấy. Khi bạn đặt tiêu bản chất lượng dịch trên này; thì theo ngôn ngữ của bạn, người dịch đã bị bạn soi. Và người dịch cũng có thể nói là họ bị soi kỹ, nếu họ không có thiện ý. Vậy nên chăng bạn đừng có nghĩ đến chuyện mình làm cái gì trên Wikipedia mà người khác nhìn thấy là bị soi và xem họ nói vậy có hợp lý không. Nếu yêu cầu của họ là hợp lý thì đừng đổ thừa là họ soi mình kỹ và nghĩ về họ với thiện cảm. - Trần Thế Trung | (thảo luận) 12:48, 13 tháng 10 2006 (UTC)
- Nói thêm là dòng "xin xem lý do ở trang thảo luận" viết trên tiêu bản đã có trước khi bạn định dùng nó. Sửa chữa gần đây của tiêu bản chỉ có ý định giúp đỡ người đặt tiêu bản chú ý dòng này hơn mà thôi. Nếu bạn cảm thấy dòng này không hữu ích cho người đặt tiêu bản. Mời bạn cứ tự nhiên đề nghị xóa bỏ nó. Người sửa tiêu bản này không có ý định soi ai; mà chỉ định giúp tiêu bản được sử dụng hiệu quả hơn. (Cũng vậy đối với các thảo luận bên trên; không liên quan gì đến soi xét ai cả)- Trần Thế Trung | (thảo luận) 12:59, 13 tháng 10 2006 (UTC)
- Vừa đặt xong tiêu bản thì thấy cậu soi ngay lập tức, mình đành đi sửa những cái khác để cho cậu tha hồ "bình loạn". Chúc có nhiều sức khỏe để soi nhé thợ soi. Nguyễn Thanh Quang 18:15, 13 tháng 10 2006 (UTC)
- Nói thêm là dòng "xin xem lý do ở trang thảo luận" viết trên tiêu bản đã có trước khi bạn định dùng nó. Sửa chữa gần đây của tiêu bản chỉ có ý định giúp đỡ người đặt tiêu bản chú ý dòng này hơn mà thôi. Nếu bạn cảm thấy dòng này không hữu ích cho người đặt tiêu bản. Mời bạn cứ tự nhiên đề nghị xóa bỏ nó. Người sửa tiêu bản này không có ý định soi ai; mà chỉ định giúp tiêu bản được sử dụng hiệu quả hơn. (Cũng vậy đối với các thảo luận bên trên; không liên quan gì đến soi xét ai cả)- Trần Thế Trung | (thảo luận) 12:59, 13 tháng 10 2006 (UTC)
Hỗn loạn
[sửa mã nguồn]tai sao van de dat ra Tốc độ đọc trình tự bộ gen được tăng lên phụ thuộc vào việc phát triển kỹ thuật này. Vì thế có thể có được thông tin về trình tự DNA bộ gen của nhiều sinh vật từ nguồn dữ liệu này. Vì vậy việc nghiên cứu bằng cách sử dụng các thông tin rất quan trọng để phát hiện ra các quy luật về nguồn gốc của sự sống. Nhiều nghiên cứu trước đây đã giúp đỡ trong việc xác định trình tự vùng mã hóa và vùng điều hòa. Cũng có một số nghiên cứu sự đáp ứng về mặt vật lý học thông qua tương tác giữa các phân tử trong tế bào sống. Trong các nghiên cứu này, việc quan sát sự biểu hiện gen chính xác rất quan trọng. Tuy nhiên với cách thí nghiệm theo truyền thống thì gặp nhiều khó khăn. Vì thế cần phải phát triển phương pháp này để xem xét toàn bộ hình ảnh của hiện tượng sống. Việc mong muốn để "xem trọn bộ hình ảnh" được thực hiện bằng phương pháp phân tích array để nghiên cứu sự đa dạng của DNA và RNA. The genomic sequence of the human is to be exactly revealed in the beginning of the 21st century. Accordingly, it is very important in a post genome study, which includes gene therapy, gene diagnosis and so on, to develop a technique to measure a lot of gene expression patterns. There is northern hybridization or differential display as a method to measure the gene expression pattern currently, but it is difficult to detect the gene expression pattern with a little sample in real time smartly. The development of DNA chips and cDNA micro-arrays is pushed forward in order to solve this problem. In the technology of DNA chips and cDNA micro-arrays, there is a great deal of studies on composing oligo DNA on the DNA chip and the cDNA micro-array by the present situation, but there are a few studies on designing oligo DNA sequences, which are fixed on the DNA chip and the cDNA micro-array [2]. The design of such oligo DNA sequences for probes is extremely important in order to measure gene expression patterns precisely. The precision at measuring a gene expression pattern is controlled greatly by whether the design of DNA sequences is good or not. Therefore it is urgent work to improve the design technique of DNA sequences and to establish it, and it is also one of important study problems. Besides, PCR technology, including RT-PCR and Multiplex PCR, is one of the most important techniques in molecular biology. Therefore it is also highly desired to develop a method of PCR primer design for successful experiments. There are a lot of studies for PCR primer design [3] . In those studies, the experimental condition of PCR and the method of primer design were studied. However, they do not prepare primers which have the hybridization property suitable to whole genome experiments because most of them do not utilize whole genome information. In the post genome research, it will be required to observe more precisely in order to get more biological information 332 Kurata and Nakamura accurately. For that reason, it is indispensable for the biological experiment of the next generation to design probe/primer sequences using whole genome information. We propose a new technique to design DNAsequences as probes to be fixed on the DNA chip and as primers in this study.
Tác giả phải thiết kế các trình tự mẫu dò từ các trình tự bộ gen của sinh vật chủ. Trình tự được chọn lọc làm mẫu dò/mồi đó phải được lai với gen đích mà không có hiện tượng lai chéo xảy ra. Vì thế, trình tự cần xác định phải bao gồm các trình tự duy nhất ngắn. Để thực hiện nó, tác giả thực hiện như sau.
• quét trình tự bộ gen và xem chúng trên bảng. • làm hỏng bảng mà có chứa các trình tự duy nhất của một số loại chiều dài từ trình tự bộ gen • tìm mẫu dò/mồi cần xác định mà có chứa trình tự duy nhất ngắn từ bảng đã làm hỏng.
Chiều dài tồi đa của phần liên tục của trình tự mong muốn gắn hoàn toàn phần trình tự không phải là trình tự đích mà đã được xác định từ bảng đã làm hỏng ở trên. Vì vậy không cần phải xá định tính duy nhất của trình tự mồi/mẫu dò bằng cách nào khác nữa, ví dụ như việc tính toán khoảng cách. Đặc tính của quá trình lai DNA/RNA chịu ảnh hưởng chủ yếu bởi vùng liên tục của các trình tự mồi/mẫu dò. Khi các trình tự thiết kế được dùng làm mẫu dò, thì cần phải tính toán xem chúng bao gồm ácc trình tự duy nhất ngắn và và những lỗi thường xảy ra bên giữa chúng. Khi các trình tự thiết kế được dùng làm mồi thì trình tự của chiều dài trình tự duy nhất của chúng ở đầu 3' phải ngắn. Phương pháp này tách chiết nhiều trình tự duy nhất mà chiều dài của chúng không đổi. Vì thế, một số trình tự dài có thể được tìm thấy giống như các trình tự IS và một số trình tự ngắn có thể giống như CTAG trong trong bộ gen của E.Coli bằng kỹ thuật này. Tiếp theo, tác giả đã đưa ra chiến lược thiết kế các trình tự mồi/mẫu dò cho mỗi gen từ mẫu cần xác định đáp ứng các điều kiện ở trên như sau. tính toán giá trị Tm của tất cả các mẫu xác định. Sau đó, các trình tự, mà có giá trị Tm cao, được chọn ra làm mẫu xác định mồi/mẫu dò cho mỗi gen. Hơn nữa, tính luôn giá trị năng lượng của cấu trúc thứ cấp của các trình tự mồi/mẫu dò cần xác định. The sequences which seem to constitute primer-dimer or stable structure with other sequences are excluded from candidates.
Phần này viết như một bài luận mà không có tính chất bách khoa. Đưa vào làm lẫn lộn các thông tin trong bài. Xin thảo luận trước khi phá bỏ bố cục của bài. Vietbio 04:51, 14 tháng 10 2006 (UTC)