Джонсон поступил в университет Пердью в 2007 году. В первый сезон в NCAA Джауан помог своей команде пробиться в основной турнир. В первом раунде, в игре против Бейлора, Джонсон набрал 10 очков, сделал 8 подборов и 2 блок-шота[1]. В сезоне 2008—2009 годов Джонсон набирал в среднем 13,4 очка за матч (второй в команде). Во втором раунде основного турнира, в котором принимают участие 16 лучших команд NCAA, Джонсон набрал 22 очка, сделав два блок-шота на последних секундах матча, обеспечив победу для своего университета. Проведя 37 матчей в сезоне, Джауан стал четвёртым игроком в истории Пердью достигшим этого результата. Джонсон рассматривал возможность участия на драфте НБА 2009 года, но в итоге решил провести ещё один сезон в университете[2][3]. Третий чемпионат NCAA, с Джонсоном в составе, «Пердью» начали с лучшим результатом за 16 лет (14 побед, 0 поражений). Джауан сделал 9 дабл-даблов по ходу сезона, 9 февраля он набрал 1000-е очко в своей университетской карьере, а также удостоился ряда локальных наград. В первом раунде основного турнира Джонсон набрал 23 очка и сделал 15 подборов, что помогло обеспечить его команде победу над «Техас А и М». Во втором раунде «Пердью» уступили в напряжённом матче баскетболистам «Дьюка», Джауан стал самым результативным игроком своей команды, набрав 23 очка. В межсезонье Джонсон провёл в тренировочном лагере сборной США по баскетболу.
Джонсон решил подать свой кандидатуру на драфт 2010 года, но затем передумал, после того, как выяснилось, что скорее всего его выберут во втором раунде драфта[4]. Джонсон набрал 31 очко игре против «Индианы», что стало наивысшим результатом в его студенческой карьере. В свой последний сезон в NCAA Джонсон был единственным игроком с показателями за карьеру — 1900 очков, 850 подборов и 250 блок-шотов. 7 марта Джонсон был признан «Игроком года конференции Биг Тен», а также «Лучшим оборонительным игроком года конференции Биг Тен».