Rubén Pérez komt uit de jeugdopleiding van Atlético Madrid. Op 15 mei 2010 debuteerde hij in het eerste elftal van de club, in een Primera División-wedstrijd tegen Getafe CF. Daarin viel hij in voor Borja Bastón. Atlético verhuurde Rubén Perez op 25 juli 2010 aan Deportivo La Coruña als onderdeel van de transfer van Filipe Luís. Aanvankelijk werd Pérez voor twee seizoenen uitgeleend aan Deportivo, maar nadat de club een jaar later degradeerde kregen ze Bastón op huurbasis in de plaats. De seizoenen erna speelde Pérez telkens één jaar op huurbasis voor Getafe CF, Real Betis en Elche CF. In 2014 verhuurde Ruben Pérez voor het eerst aan een buitenlandse club in de vorm van Torino, dat ook een optie tot koop bedong. Het seizoen daarop werd Pérez weer verhuurd, ditmaal aan Granada CF. Daar tekende hij na afloop van het seizoen een permanent contract tot medio 2019.[2][3]