Op haar elfde begon Crnogorčević in haar geboorteplaats met voetballen bij FC Steffisburg. In 2004 stapte ze over naar FC Rot-Schwarz Thun, dat ze in 2009 de Zwitserse voetbalbeker hielp winnen. Ze scoorde een hattrick in de wedstrijd tegen FC Schlieren, dat met 8–0 werd verslagen. Bovendien werd ze met 24 doelpunten de topscoorder van de Super League Zwitserland. Na dit laatste seizoen bij Rot-Schwarz vertrok Crnogorčević naar Duitsland om zich voor twee jaar aan te sluiten bij Hamburger SV. Sinds 2011 is zij een van de spelers van 1. FFC Frankfurt. Met deze ploeg won zij de DFB-Pokal in 2014 en de Champions League in 2015. Na een periode bij Portland Thorns FC, dat uitkomt in de Amerikaans NWSL, werd Crnogorčević in december 2019 gecontracteerd door FC Barcelona.