Agentura FRA průběžně spolupracuje s orgány EU a členskými státy s cílem poskytovat jim nezávislé odborné poradenství a analýzu základních práv. Vytvořila sítě a navázala kontakty s partnery na všech úrovních tak, aby její poradenství a výzkum mohly využívat osoby s rozhodovací pravomocí v rámci vlád členských států i EU.
V této souvislosti udržuje agentura FRA obzvláště úzké pracovní vztahy s:
Orgány a jinými institucemi EU
Členskými státy Evropské unie
Radou Evropy
Občanskou společností a Platformou pro základní práva
Vnitrostátními institucemi pro lidská práva, subjekty pro rovné zacházení a veřejnými ochránci práv
OSN, OBSE a dalšími mezinárodními organizacemi
