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La première partie de cette semaine de course se compose de quatre étapes néerlandaises et/ou flandriennes au profil relativement plat qui pourraient convenir aux sprinteurs à l'exception de la deuxième étape disputée sous la forme d'un contre-la-montre à Lelystad. Les trois dernières étapes présentent un profil plus vallonné : la cinquième étape se termine à Bilzen sur un circuit local comprenant trois petites côtes, la sixième étape longue de 206,7 kilomètres emprunte un circuit final très accidenté autour de la cité ardennaise de Houffalize comprenant entre autres la côte de Saint-Roch à gravir deux fois alors que la dernière étape partant de Namur se termine en franchissant à trois reprises le Mur de Grammont et le Bosberg.
Le Benelux Tour faisant partie du calendrier de l'UCI World Tour, les dix-neuf « World Teams » y participent. Trois UCI ProTeams ont reçu une invitation.
Lors de cette première étape, le vent provoque plusieurs bordures et un peloton réduit à 33 unités se présente à Dokkum où le Belge Tim Merlier (Alpecin Fenix) s'impose. Un groupe de sept coureurs s'était échappé au début de l'étape mais avait été repris à la mi-course. À noter aussi la crevaison de Remco Evenepoel (Deceuninck-Quick Step) et la lente assistance pour le dépanner qui a relégué le jeune Belge, alors dans le groupe de tête, dans un peloton de poursuivants.
Dès le début d’étape, six hommes attaquent et prennent de l'avance sur le peloton. Il s'agit de Samuele Battistella (Astana), Taco van der Hoorn (Intermarché-Wanty-Gobert), Mathias Norsgaard (Movistar), Luke Durbridge (Team BikeExchange), Thimo Willems (Sport Vlaanderen-Baloise) et Arjen Livyns (Bingoal Pauwels). Ce dernier est toutefois distancé à une centaine de kilomètres de l'arrivée. Les cinq fuyards résistent in extremis au retour du peloton et le Néerlandais Taco van der Hoorn s'impose.
En début de course, une chute massive du peloton provoque une neutralisation de l’étape durant une dizaine de minutes avant le redémarrage de la course. Dès lors, un trio composé des Belges Arjen Livyns (Bingoal Pauwels) et Thomas Sprengers (Sport Vlaanderen-Baloise) et du Néo-Zélandais Sam Bewley (BikeExchange) s'échappe mais est repris à une soixantaine de kilomètres de l'arrivée. Un duo formé par le Belge Rune Herregodts et le Français Julien Duval (AG2R Citroën) part à l'attaque à 30 km de l’arrivée mais est repris par le peloton à une vingtaine de kilomètres du terme. La victoire se joue au sprint remporté par le Belge Tim Merlier (Alpecin-Fenix) qui signe sa seconde victoire dans ce tour.
Le Belge Remco Evenepoel, malade, est non partant. Le Canadien Hugo Houle (Astana), l’Australien Jack Bauer (BikeExchange) et le Danois Casper Pedersen (DSM), partent à l'attaque après une trentaine de kilomètres de course. Ils comptent jusqu'à 3 minutes d'avance sur peloton. Houle est repris à 30 km de l’arrivée tandis que Bauer et Pedersen sont rattrapés par le peloton à 11 km du terme. Un peloton très étiré se présente à l'arrivée à Bilzen. L'Italien Sonny Colbrelli (Bahrain) est remonté dans les derniers mètres par l'Australien Caleb Ewan (Lotto Soudal) qui franchit la ligne d'arrivée en vainqueur avec une longueur d'avance sur l'Italien. Les deux premiers du classement général sont distancés en fin de course : Stefan Bissegger ne pouvant suivre le rythme et Kasper Asgreen sur ennui mécanique. Ce qui permet au Suisse Stefan Küng (Groupama-FDJ) d'endosser le maillot de leader du classement général.
La plus longue et la plus difficile des étapes du Benelux Tour 2021 franchit 10 côtes répertoriées et se termine à Houffalize dans les Ardennes belges. Les trois premiers quarts de la course sont marqués par l'attaque du Britannique Geraint Thomas (Ineos Grenadiers) et du Belge Jonas Rickaert (Alpecin-Fenix). Les deux hommes comptent jusqu'à sept minutes d'avance sur le peloton mais Rickaert est repris à 54 km et Thomas 49 km de l'arrivée. Aussitôt après le regroupement, un trio se porte à l'avant dans la montée de la côte Bois des Moines. Ces trois fuyards sont le Slovène Matej Mohorič (Bahrain), son équipier champion d'Italie Sonny Colbrelli et le Suisse Marc Hirschi (UAE). Alors que les poursuivants emmenés par le Néerlandais Tom Dumoulin (Jumbo-Visma) reviennent à quelques secondes du trio de tête, Colbrelli lâche ses compagnons d'échappée et part seul en augmentant régulièrement son avance. Il remporte l'étape et s'empare du maillot de leader du classement général.
Après une soixantaine de kilomètres de course, un groupe de onze coureurs se porte à l'attaque mais ne parvient jamais à prendre une avance conséquente sur le peloton et se fait reprendre par celui-ci. À une cinquantaine de kilomètres de la ligne, quatre hommes s'échappent. Il s'agit du Slovène Matej Mohorič (Bahrain), deuxième du classement général et coéquipier du leader de ce classement Sonny Colbrelli, du Belge Victor Campenaerts (Qhubeka), troisième de ce classement, de l’Américain Brandon McNulty (UAE) et du Danois Kasper Asgreen (Deceuninck-Quick Step). Lors de la deuxième et avant-dernière montée du Mur de Grammont, à 26 kilomètres de l'arrivée, Mohorič lâche ses compagnons d'échappée qui sont rapidement englobés dans un groupe de poursuivants d'une quinzaine de coureurs. À 5 kilomètres du terme, le Néerlandais Tom Dumoulin (Jumbo-Visma) tente de revenir sur Mohorič mais il n'est logiquement pas relayé par Colbrelli, équipier du Slovène. Matej Mohorič remporte l'étape en solitaire devançant de 11 secondes son équipier Sonny Colbrelli qui, lui, remporte le classement général du Benelux Tour.
Les courses mentionnées par une étoile *, bien qu'initialement programmées au calendrier UCI, ont été annulées par la pandémie de Covid-19 et ses diverses conséquences sanitaires.