En 1850, il est architecte en chef du département des Côtes-du-Nord (aujourd'hui Côtes-d'Armor) et de la ville de Saint-Brieuc : Il conserve ses fonctions jusqu'en 1878. En 1850, il est, en outre, conservateur des édifices diocésains de Vannes et de Saint-Brieuc, successeur de Louis Lorin (1781-1846). Il est remplacé en 1856. Il a été aussi architecte du dépôt d'étalons de Lamballe, de 1848 à 1859[2].
À Saint-Brieuc, il a construit le grand séminaire, rue de la gare, aujourd'hui détruit, le lycée des Cordeliers, aujourd'hui Anatole Le Braz et le Palais de justice, inauguré le .
Il a eu un fils prénommé Alphonse Marie François (1852-1917) qui fut élève de l'école des beaux-arts et de Honoré Daumet ainsi qu'inspecteur des édifices diocésains de Saint-Brieuc avant 1879.
Alphonse Guépin était également le neveu du député Victor Guépin et le cousin germain du médecin, homme politique et écrivain Ange Guépin.
Il est inhumé au cimetière Saint-Michel de Saint-Brieuc.
Voici la liste des réalisations d'Alphonse Guépin :
1830 : Maison bourgeoise "Ker Ruellan" (du nom d'une famille originaire de Moncontour), située rue du Général-Leclerc à Étables-sur-Mer. En 1913, les propriétaires vendent leur maison à la communauté religieuse St-Vincent-de-Paul d'Aubervilliers. La maison est rebaptisée "colonie Sainte-Geneviève" et sert de lieu de vacances de 1924 à 1985. Elle est acquise en 1986 par la commune qui y installe des activités culturelles et sportives[3]
1844 : Haut du clocher Saint-Pierre de Plaintel. L'église (1759-1761), œuvre de l'architecte Vaulagé a été restaurée en 1846. Cette église était primitivement dédiée à un saint breton.
1844 : Ancien séminaire rue de la gare (Saint-Brieuc) ;
La première pierre de la nouvelle église est bénie le . L'église est bénie le . En forme de croix latine, avec bas-côtés, elle renferme un transept et un chœur à chevet de forme polygonale. Elle abrite des fresques d'E. Monfort, peintre de Saint-Brieuc, représentant le pèlerinage de sainte Eutrope et de Notre-Dame du Rosaire
1848 : Église Saint-Jean-Baptiste de La Prénessaye ;
Elle possède à l'ouest une porte du XVe siècle.
1848 : Église paroissiale Saint-Pierre ou Notre-Dame du Gavel de Plouézec[6],[7] ;
Les travaux de construction ont commencé en . Interrompus dès le mois de décembre par la suite d'un désaccord opposant le conseil de fabrique et le conseil municipal, ils reprirent en et s'achevèrent au début de l'année 1851. L'église fut consacrée le par l'évêque de Saint-Brieuc.
1849 : Lycée des Cordeliers, aujourd'hui Anatole-Le-Braz à Saint-Brieuc[9] ;
Historique : Collège des Cordeliers depuis 1505, il devient École Centrale en 1792 puis collège communal à partir de 1803, école secondaire en 1811, collège royal en 1847, lycée en 1848. Guépin est chargé de la construction d'un bâtiment à trois niveaux avec un étage mansardé et une cour intérieure entourée d'un cloître. Il ouvre ses portes en . En 1863, est ajoutée une grille monumentale sur la rue du 71e Régiment. Il prend le nom de lycée Anatole Le Braz en 1929 et devient collège en 1967.
Cet édifice néo-gothique est élevé sur l'emplacement de l'ancienne église tréviale devenue paroissiale après la Révolution. Dédiée à Notre-Dame, elle est construite avec peu de moyens. Certains éléments, telles les accolades et les gargouilles, sont peut-être des remplois.
1856 : Église Saint-Pierre et Saint-Paul de Plémy ;
1856-1861 : Église Saint-Pierre et Saint-Paul de Plédran[11] ;
L'ancienne église de Plédran, qui datait du XVe siècle, était située à l'extrémité nord-est du bois, là ou sainte Osmane, fuyant un fiancé païen, vint chercher un refuge après avoir quitté l'Angleterre, sa patrie. L'église abrite une statue en terre cuite représentant la Vierge et l'Enfant (XVIIIe siècle)
1856 : Tour de l'église Saint-Pierre de Trédaniel[12]
Une tour est élevée en 1856, dessinée par Guépin, dont le raccord à l'ancien édifice se fait par l'ajout d'une travée avec architrave. Huit degrés sont nécessaires pour compenser l'énorme différence de niveau entre la tour et la nef.
Les derniers vestiges de l'ancienne église ont disparu en 1862, lors de la construction de l'église actuelle. La première pierre est bénie le et l'église est consacrée le .
La chapelle abrite une statue de saint Evence (XVIIe siècle), en bois polychrome, ainsi qu'une statue en bois ciré représentant un diable enchaîné (vers 1880).
1859 : Nef et tour de l'église paroissiale Saint-Arnoult d'Hémonstoir[15] ;
Le bras sud du transept de l'église a été construit en 1582. Le chœur et le bras nord du transept ont été reconstruits en 1780 (porte la date). Nef et clocher ont été reconstruits en 1859 par Guépin. La croix de l'enclos peut dater de la fin du XVIe siècle, elle est protégée au titre MH. La fontaine remploie une niche trilobée ancienne, sans statue
1859 : Église Saint-Samson de Kérity-Paimpol[16] ;
La bénédiction de la première pierre de l'église eut lieu le et la bénédiction le . La tour ne fut construite qu'en 1890.
L’église est une construction néo-gothique en forme de croix latine, construite entre 1861 et 1865. Il s’agit d’un édifice relativement petit par rapport aux constructions semblables faites à la même époque, avec une nef très étroite et sans bas-côtés. C’est un édifice sans grand caractère architectural surmonté d’un tout petit campanile abritant trois cloches.
Créée en 1794, installée en 1801 dans l'ancien couvent des cordeliers, à l'emplacement de l'actuel collège Anatole-Le-Braz, la bibliothèque municipale s'installe au premier étage d'un nouvel édifice terminé en 1863, le rez-de-chaussée étant réservé au musée.
1869 : Église paroissiale Notre-Dame de Plouguiel[27]
L'église a été construite à partir du par l'entrepreneur Louis Kerguenou d'après les plans et devis dressés par Guépin. La bénédiction de la première pierre a eu lieu le , celle de l'édifice le dimanche de la Pentecôte 1871. Sa consécration a eu lieu le (d'après René Couffon).
L'église comporte des éléments de différentes époques : crypte romane du XIe siècle, autres parties romanes du XIIe siècle, porche nord du XVIe siècle, porche ouest de 1535, orgue de 1989
L'église remplace un édifice du XVe siècle. La première pierre est posée le . L'église est bénie le et consacrée le . Elle abrite une statue en bois polychrome de Notre-Dame de la Couronnée (XVIIe siècle) qui aurait été offerte, selon la tradition, par Louis XIII et Anne d'Autriche, son épouse
1873 : Église paroissiale Saint-Pierre de Plumieux ;
Église construite de 1873 à 1912; Travaux commencés en 1873 par l'entrepreneur M. Renaudiere et achevés par l'entrepreneur M. Kerléau après résiliation des marchés passés avec M. Renaudiere en 1880 ; Clocher achevé en 1912 (porte la date) par Kerléau
1877 : Reconstruction église Saint-Louis de Meslin-Trégenestre frappée par la foudre le .
Œuvre capitale de Guépin.
Avant sa construction, dont l'inauguration a eu lieu le , le tribunal était établi dans la chapelle conventuelle des bénédictines du Calvaire, construite en 1626. Une partie des bâtiments sert alors de bureaux aux hommes de loi, le reste est occupé par une manutention militaire. Les services judiciaires en prennent possession en 1864.
Vers 1865, le parc des promenades, jardin public qui entoure le tribunal, est dessiné par Jean-Pierre Barillet-Deschamps, Jardinier en chef du Service des Promenades et Plantations de la Ville de Paris, adjoint du baron Haussmann.