O Com5ºDN tem a missão de aprestar e empregar as Forças Navais, Aeronavais e de Fuzileiros Navais subordinadas, a fim de contribuir para a defesa da Pátria; para a garantia dos poderes constitucionais e da lei e da ordem; para o cumprimento das atividades subsidiárias previstas em lei, e para o apoio à política externa, na sua área de jurisdição, compreendida pelas áreas terrestres dos Estados de Santa Catarina e Rio Grande do Sul; bacias fluviais e lacustres de sua área terrestre; e áreas marítimas sob jurisdição brasileira adjacentes ao litoral desses Estados.