A Secretaria Executiva (SE) auxilia o Ministério da Saúde na supervisão e coordenação das atividades das demais secretarias do Ministério da Saúde (MS) e suas entidades vinculadas.
No âmbito do Ministério da Saúde, ela supervisiona e coordena as atividades relacionadas aos sistemas federais de planejamento e orçamento; de organização e modernização administrativa; de contabilidade; de administração financeira e de recursos humanos; de informação e informática; e de serviços gerais.
Além disso, a Secretaria Executiva também assessora o Ministério da Saúde na formulação de estratégias de colaboração com organismos internacionais e supervisiona e coordena as atividades relativas aos sistemas internos de gestão e aos sistemas de informação relativos às atividades finalísticas do Sistema Único de Saúde (SUS).