HDAC9

HDAC9 (англ. Histone deacetylase 9) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 7-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 011 амінокислот, а молекулярна маса — 111 297.

HDAC9
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1TQE
Ідентифікатори
Символи	HDAC9, HD7, HD7b, HD9, HDAC, HDAC7, HDAC7B, HDAC9B, HDAC9FL, HDRP, MITR, histone deacetylase 9
Зовнішні ІД	OMIM: 606543 MGI: 1931221 HomoloGene: 128578 GeneCards: HDAC9
Пов'язані генетичні захворювання
ожиріння, інсульт, неспецифічний виразковий коліт, цереброваскулярні хвороби
Реагує на сполуку
belinostat, entinostat, givinostat, panobinostat, quisinostat, romidepsin, trichostatin A, золінза
Онтологія гена Молекулярна функція • NAD-dependent histone deacetylase activity (H3-K14 specific) • GO:0001106 transcription corepressor activity • histone deacetylase activity • protein deacetylase activity • transcription factor binding • histone deacetylase binding • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • hydrolase activity • protein kinase C binding • histone deacetylase activity (H4-K16 specific) Клітинна компонента • цитоплазма • histone deacetylase complex • transcription regulator complex • нуклеоплазма • клітинне ядро • histone methyltransferase complex Біологічний процес • histone H3 deacetylation • peptidyl-lysine deacetylation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis • response to amphetamine • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • regulation of striated muscle cell differentiation • transcription, DNA-templated • B cell activation • heart development • histone H4 deacetylation • neuron differentiation • cellular response to insulin stimulus • regulation of skeletal muscle fiber development • B cell differentiation • inflammatory response • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • histone deacetylation • cholesterol homeostasis • negative regulation of lipoprotein lipase activity • histone H4-K16 deacetylation Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	9734	79221
Ensembl	ENSG00000048052	ENSMUSG00000004698
UniProt	Q9UKV0	Q99N13
RefSeq (мРНК)	NM_001204144 NM_001204145 NM_001204146 NM_001204147 NM_001204148 NM_014707 NM_058176 NM_058177 NM_178423 NM_178425 NM_001321868 NM_001321869 NM_001321870 NM_001321871 NM_001321872 NM_001321873 NM_001321874 NM_001321875 NM_001321876 NM_001321877 NM_001321878 NM_001321879 NM_001321884 NM_001321885 NM_001321886 NM_001321887 NM_001321888 NM_001321889 NM_001321890 NM_001321891 NM_001321893 NM_001321894 NM_001321895 NM_001321896 NM_001321897 NM_001321898 NM_001321899 NM_001321900 NM_001321901 NM_001321902	NM_001271386 NM_024124
RefSeq (білок)	NP_001191073 NP_001191074 NP_001191075 NP_001191076 NP_001191077 NP_001308797 NP_001308798 NP_001308799 NP_001308800 NP_001308801 NP_001308802 NP_001308803 NP_001308804 NP_001308805 NP_001308806 NP_001308807 NP_001308808 NP_001308813 NP_001308814 NP_001308815 NP_001308816 NP_001308817 NP_001308818 NP_001308819 NP_001308820 NP_001308822 NP_001308823 NP_001308824 NP_001308825 NP_001308826 NP_001308827 NP_001308828 NP_001308829 NP_001308830 NP_001308831 NP_055522 NP_478056 NP_848510 NP_848512	NP_001258315 NP_077038
Локус (UCSC)	Хр. 7: 18.09 – 19 Mb	Хр. 12: 34.1 – 34.97 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MHSMISSVDV		KSEVPVGLEP		ISPLDLRTDL		RMMMPVVDPV		VREKQLQQEL
LLIQQQQQIQ		KQLLIAEFQK		QHENLTRQHQ		AQLQEHIKEL		LAIKQQQELL
EKEQKLEQQR		QEQEVERHRR		EQQLPPLRGK		DRGRERAVAS		TEVKQKLQEF
LLSKSATKDT		PTNGKNHSVS		RHPKLWYTAA		HHTSLDQSSP		PLSGTSPSYK
YTLPGAQDAK		DDFPLRKTAS		EPNLKVRSRL		KQKVAERRSS		PLLRRKDGNV
VTSFKKRMFE		VTESSVSSSS		PGSGPSSPNN		GPTGSVTENE		TSVLPPTPHA
EQMVSQQRIL		IHEDSMNLLS		LYTSPSLPNI		TLGLPAVPSQ		LNASNSLKEK
QKCETQTLRQ		GVPLPGQYGG		SIPASSSHPH		VTLEGKPPNS		SHQALLQHLL
LKEQMRQQKL		LVAGGVPLHP		QSPLATKERI		SPGIRGTHKL		PRHRPLNRTQ
SAPLPQSTLA		QLVIQQQHQQ		FLEKQKQYQQ		QIHMNKLLSK		SIEQLKQPGS
HLEEAEEELQ		GDQAMQEDRA		PSSGNSTRSD		SSACVDDTLG		QVGAVKVKEE
PVDSDEDAQI		QEMESGEQAA		FMQQPFLEPT		HTRALSVRQA		PLAAVGMDGL
EKHRLVSRTH		SSPAASVLPH		PAMDRPLQPG		SATGIAYDPL		MLKHQCVCGN
STTHPEHAGR		IQSIWSRLQE		TGLLNKCERI		QGRKASLEEI		QLVHSEHHSL
LYGTNPLDGQ		KLDPRILLGD		DSQKFFSSLP		CGGLGVDSDT		IWNELHSSGA
ARMAVGCVIE		LASKVASGEL		KNGFAVVRPP		GHHAEESTAM		GFCFFNSVAI
TAKYLRDQLN		ISKILIVDLD		VHHGNGTQQA		FYADPSILYI		SLHRYDEGNF
FPGSGAPNEV		GTGLGEGYNI		NIAWTGGLDP		PMGDVEYLEA		FRTIVKPVAK
EFDPDMVLVS		AGFDALEGHT		PPLGGYKVTA		KCFGHLTKQL		MTLADGRVVL
ALEGGHDLTA		ICDASEACVN		ALLGNELEPL		AEDILHQSPN		MNAVISLQKI
IEIQSMSLKF		S

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, гідролаз, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у ядрі.

Література

• Zhou X., Marks P.A., Rifkind R.A., Richon V.M. (2001). Cloning and characterization of a histone deacetylase, HDAC9. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98: 10572—10577. PMID 11535832 DOI:10.1073/pnas.191375098
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Zhou X., Richon V.M., Rifkind R.A., Marks P.A. (2000). Identification of a transcriptional repressor related to the noncatalytic domain of histone deacetylases 4 and 5. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97: 1056—1061. PMID 10655483 DOI:10.1073/pnas.97.3.1056

Див. також

• Хромосома 7