Proteinojenik amino asit

Proteinojenik amino asitler, translasyon- proteinlerin sentezi- sürecine katılan amino asitlerdir. Proteinojenik kelimesi "protein oluşturan" manasına gelip "protein" ve "+jen(oluşturan, doğuran, ortaya çıkaran)" yapılarından türetilmiştir. Bilinen hayatta 22 adet genetik olarak kodlanmış(proteinojenik) amino asit mevcuttur. Bunlardan 20 tanesi genetik koda kodlanmış şekildeyken buna ek olarak 2 tanesi(Selenosistein ve Pirolizin)^[a] özel translasyon mekanizmaları ile kullanılabilmektedir.^[1]

Bunların zıttı olan non-proteinojenik amino asitler, proteinlerin yapısına katılmayan(mesela GABA, L-DOPA, Triiyodotironin), yanlışlıkla genetik olarak kodlanmış bir amino asidin yerine geçebilen veya standart hücre mekanizmasınca izolasyonda ve direkt üretilemeyen(mesela Hidroksiprolin) amino asitlere verilen isimdir. Bazı non-proteinojenik amino asitler non-ribozomik peptitlerin yapısına katılır.

Hem ökaryot hem de prokaryotlarda selenosistein protein yapısına katılabilmektedir. Selenosistein, SECIS elementi olarak bilinen bir nükleotid dizisi aracılığıyla yapıya katılabilmektedir. SECIS elementi normalde stop kodonu olan UGA dizinin selenosistein şeklindesinde okunmasını sağlar. Bazı metanojenik prokaryotlarda normalde stop kodonu olan UAG kodonu da pirolizin şeklinde okunabilir. Prolizinin proteinin yapısına katılma mekanizması tam olarak bilinmemektedir.^[2]

Yapıları

Alttaki infografikte, ökaryotların genetik kodunda kodlanmış 21 amino asidin yapısı ve isimlerini kısaltması verilmiştir. Yapılar standart kimyasal yapıları olup sulu çözeltilerdeki hali olan zwitteriyon halinde değildir.

L-Alanin (Ala/A)
L-Arjinin (Arg/R)
L-Asparajin (Asn/N)
L-Aspartik asit (Asp/D)
L-Sistein (Cys/C)
L-Glutamik asit (Glu/E)
L-Glutamin (Gln/Q)
Glisin (Gly/G)
L-Histidin (His/H)
L-İzolösin (Ile/I)
L-Lösin (Leu/L)
L-Lizin (Lys/K)
L-Metiyonin (Met/M)
L-Fenilalanin (Phe/F)
L-Prolin (Pro/P)
L-Serin (Ser/S)
L-Treonin (Thr/T)
L-Triptofan (Trp/W)
L-Tirozin (Tyr/Y)
L-Valin (Val/V)

IUPAC/IUBMB, iki

L-Selenosistein (Sec/U)
L-Pirolizin (Pyl/O)

Kimyevi özellikleri

Kimyasal özellikler

Amino asit	Kısaltmaları	Ortalama ağırlık (Da)	pI	pK₁ (α-COO^-)	pK₂ (α-NH₃⁺)
Alanin	A/Ala	89,09404	6,01	2,35	9,87
Sistein	C/Cys	121,15404	5,05	1,92	10,70
Aspartik asit	D/Asp	133,10384	2,85	1,99	9,90
Glutamik asit	E/Glu	147,13074	3,15	2,10	9,47
Fenilalanin	F/Phe	165,19184	5,49	2,20	9,31
Glisin	G/Gly	75,06714	6,06	2,35	9,78
Histidin	H/His	155,15634	7,60	1,80	9,33
İzolösin	I/Ile	131,17464	6,05	2,32	9,76
Lizin	K/Lys	146,18934	9,60	2,16	9,06
Lösin	L/Leu	131,17464	6,01	2,33	9,74
Metiyonin	M/Met	149,20784	5,74	2,13	9,28
Asparajin	N/Asn	132,11904	5,41	2,14	8,72
Pirolizin	O/Pyl	255,31	?	?	?
Prolin	P/Pro	115,13194	6,30	1,95	10,64
Glutamin	Q/Gln	146,14594	5,65	2,17	9,13
Arjinin	R/Arg	174,20274	10,76	1,82	8,99
Serin	S/Ser	105,09344	5,68	2,19	9,21
Treonin	T/Thr	119,12034	5,60	2,09	9,10
Selenosistein	U/Sec	168,053	5,47	1,91	10
Valin	V/Val	117,14784	6,00	2,39	9,74
Triptofan	W/Trp	204,22844	5,89	2,46	9,41
Tirozin	Y/Tyr	181,19124	5,64	2,20	9,21

Ayrıca bakınız

Dipnot

^ Bunlara non-kanonikal amino asitler denmektedir.

Kaynakça

^ Ambrogelly, Alexandre; Palioura, Sotiria; Söll, Dieter (Ocak 2007). "Natural expansion of the genetic code". Nature Chemical Biology (İngilizce). 3 (1): 29-35. doi:10.1038/nchembio847. ISSN 1552-4469.
^ Lobanov, Alexey V.; Turanov, Anton A.; Hatfield, Dolph L.; Gladyshev, Vadim N. (1 Ağustos 2010). "Dual functions of codons in the genetic code". doi:10.3109/10409231003786094?scroll=top&needaccess=true. ISSN 1040-9238.

[a-1] Bunlara non-kanonikal amino asitler denmektedir.

[2] Ambrogelly, Alexandre; Palioura, Sotiria; Söll, Dieter (Ocak 2007). "Natural expansion of the genetic code". Nature Chemical Biology (İngilizce). 3 (1): 29-35. doi:10.1038/nchembio847. ISSN 1552-4469.

[3] Lobanov, Alexey V.; Turanov, Anton A.; Hatfield, Dolph L.; Gladyshev, Vadim N. (1 Ağustos 2010). "Dual functions of codons in the genetic code". doi:10.3109/10409231003786094?scroll=top&needaccess=true. ISSN 1040-9238.

[a]

[1]

[2]