De ainda referir que, entre 1999 e 2012, o Marítimo B disputou a II Divisão B (terceiro escalão), passando a partir da época desportiva de 2012/13 até à 2014/15 a disputar a Segunda Liga, tendo descido nesse mesmo ano ao Campeonato de Portugal, onde se manteve até hoje.
O Marítimo B é considerado um projeto modelar de sucesso. Para além de ter promovido diversos jogadores para a equipa principal, foram diversos os jogadores que chegaram a clubes históricos do futebol europeu, como foram o caso de Pepe, Danny, Djalma Campos ou, mais recentemente, de Baba Diawara, entre outros.
Em Portugal as equipas B estão sujeitas a algumas regras. Desde logo o Marítimo B não pode participar na Taça de Portugal e na a Taça da Liga, bem como não pode subir à divisão em que a equipa principal se encontra. De igual modo, deve constar nas fichas de jogo pelo menos 10 jogadores formados no clube, com idades compreendidas entre os 15 e os 21 anos de idade, e que tenham sido inscritos na Federação há três épocas desportivas.
Wellington Silva
Edgar Mendonça
Bonera
Mamadou Traoré
Juan Mosquera
Shoya Tojo
Rudy Monteiro
