De club ontstond in 2007 als gevolg van de fusie tussen de voetbalclub VV Wormerveer en tennisvereniging TV Wormerveer. De voetbalclub was in 2003 op zijn beurt ontstaan uit een fusie tussen de Wormerveerse voetbalclubs QSC en WFC. De club kent een tennis- en voetbalafdeling.
De club was vooral bekend vanwege zijn vrouwenafdeling, die tot de beste van het land mocht worden gerekend en tot en met het seizoen 2011/12 op het hoogste amateurniveau speelde. Dit laatste seizoen degradeerde de club naar de Hoofdklasse, sinds de invoering van de Topklasse, het tweede amateurniveau. In het seizoen 2014/15 keerde dit team terug op het hoogste amateurniveau. Per seizoen 2017/18 is het prestatieve vrouwenvoetbal ontbonden.
De voetbalvereniging Fortuna Wormerveer ontstond op 1 juli 2003 na de fusie van de voetbalverenigingen QSC en WFC. De pas ontstane club was vanaf de start in alle opzichten groter dan de som van beide clubs tezamen.
Direct na de fusie werd begonnen het Wateringcomplex een nieuwe uitstraling te geven met faciliteiten die pasten bij een moderne club. De facelift die het complex onderging, werd geheel in eigen beheer uitgevoerd. Zo werd allereerst een groot kunstgrasveld aangelegd, dat voor trainingen en wedstrijden gebruikt wordt. Daarna werd een nieuw parkeerterrein gerealiseerd, waarbij een visvijver gedempt moest worden, en het B-veld gedraaid. Uniek[bron?] is het D-veld, een kunstgrasveld dat afmetingen heeft van een E-F-veld maar geheel op schaal nagebouwd. Dit veld draagt de naam AtéCé Mini Arena. Nadat de Mini Arena was opgeleverd, kon het B-veld opnieuw gelegd worden. Dit voetbalgrasveld is zo gemaakt dat ook standaard-elftallen hierop hun wedstrijden mogen spelen.
In het seizoen 2006/2007 werd besloten een eredivisie vrouwen voetbal op te zetten met uitsluitend BVO’s. De BVO kan een samenwerkingsverband hebben met een hoofdklasse club. Fortuna Wormerveer ging een samenwerking aan met AZ. Buiten het voetbalgebied heeft Fortuna Wormerveer een sterke verenigingscultuur. Onder andere de grote supportersvereniging ‘de Fortuna Fans’ is altijd kenmerkend geweest. Met meer dan 800 leden is de “de Fortuna Fans” een van de grootste amateurvoetbal supportersverenigingen van Nederland.
Op 22 juni 2007 fuseerde VV Fortuna Wormerveer met Tennis Vereniging Wormerveer tot SV Fortuna Wormerveer.
De tennisvereniging kent ook een lange geschiedenis. Opgericht op 26 april 1937 als een tennisvereniging voor de personeelsleden van Wessanen kende het jarenlang een rustig bestaan. Al snel had men een eigen tennisaccommodatie met twee gravelbanen bijna midden in het natuurgebied het Guisveld. Deze idyllische situatie blokkeerde echter ook een gezonde groei. De opkomst van moderne ondergronden voor tennisbanen en de onmogelijkheid om te groeien, waren reden om te verhuizen naar het Wateringcomplex en te fuseren. Op het Wateringcomplex werd begin 2008 een tenniscomplex met drie kunstgrasbanen gerealiseerd met alle moderne faciliteiten.
Complexen
Na de fusies werd besloten de complexen van QSC (het Guisveldcomplexv) en van de tennisvereniging te verkopen ten behoeve van verdere groei op het Wateringcomplex. Beide sportcomplexen werden in het verenigingsjaar 2007/2008 verkocht. Het Guisveldcomplex wordt door Fortuna Wormerveer tegenwoordig gehuurd ten behoeve van extra trainingscapaciteit voor de voetbaltak, maar ook om Fortuna's badmintonafdeling onderdak te verschaffen.
Het standaardelftal in de zondagafdeling van het amateurvoetbal speelt in het seizoen 2020/21 in Eerste klasse, het zaterdagelftal, sinds het seizoen 2017/18 weer in competitie,sinds promotie in seizoen 2021- 2022 in de Derde klasse van West-I.
In het seizoen 2020/21 speelde dit team een enkel seizoen in de landelijke Hoofdklasse, de hoogst bereikte klasse. Deze werd bereikt na het behalen van het klassekampioenschap in de Eerste klasse (1A) van het KNVB-district West-I. Deze klasse werd in 2015 bereikt na drie opeenvolgende promoties (in 2012/13 als klassekampioen in 4C en in 2013/14 en 2014/15 -respectievelijk 3B en 2A- via na-competitie).
Fortuna Wormerveer legde vier keer beslag op de KNVB beker, driemaal als WFC (1996, 1999 en 2003) en eenmaal als Fortuna Wormerveer (2006). Daarmee is het recordhouder, samen met SV Saestum en AFC Ajax. In 2006 stond het in de Supercup tegenover landskampioenSV Saestum, waarin de club uit Zeist met 2-1 te sterk was.
Nadat het eerste team in 2017 nog derde werd in de Hoofdklasse B, werd voor het seizoen erop geen elftallen meer ingeschreven voor competitievoetbal.
Begin 2007 werd bekendgemaakt dat er vanaf het voetbalseizoen 2007/2008 ook een Eredivisie voor vrouwen zou starten, bestaande uit ADO Den Haag, AZ, SC Heerenveen, FC Twente, FC Utrecht en Willem II. Om voor een goede doorstroom van talenten te zorgen werd elke club gekoppeld aan een club uit de hoofdklasse voor vrouwen. Fortuna Wormerveer ging een verbond aan met AZ.
