Il-klabb huwa wieħed mill-eqdem u l-aktar klabbs ta 'suċċess fl-istorja tal-futbol tal-Ażerbajġan bi tliet titoli tal-Premier League Ażerbajġan u 4 titoli tat-Tazza Ażerbajġana.
Kapaz PFC kienu fondati 1959 bħala Dinamo Kirovabad u lagħbu fis-Soviet First League. Madankollu, it-tim ġie promoss għas-Soviet Top League fl-1968 wara li kisbu l-ewwel post fis-Soviet First League fl-istaġun preċedenti.[1] Il-klabb ukoll kellu Taraggi uToxucu bħala ismijiet matul l-istorja tiegħu, madankollu sar famuż fil-perjodu modern bħala Kapazli kien issemma fl-1982.[2][3]
Fl-1991, il-klabb għal darb'oħra kellhu isem li huwa Kapaz wara l-indipendenza tal-Ażerbajġan mill-Unjoni Sovjetika u rebħu l-Premier League Ażerbajġan tlett darbiet.[4] Fl-1997, Kapaz kienu magħrufa għall-logħob bla telf tagħhom bħala rekord finali għall-klabb fl-istaġun 1997–1998 li rebħu 22, 4 dros u l-ebda telfa, minn 26 logħba totali, dan li għamlu Kapaz, l-ebda tim fi staġun wieħed minn kull kampjonat tal-Ażerbajġan ma wettaq dan.[5]
Fl-2005, is-sidien ġodda tal-klabb iddeċiedew li jibdlu l-isem tal-klabb għal Ganja minkejja li ffaċċjaw kritika minn partitarji tal-klabb.[6][7] Fl-2007, l-klabb kien eskluż minħabba l-ġlidiet finanzjarji mill-Premier League Ażerbajġan. Madankollu, wara l-komunità lokali tal-għajnuna tal-AFFA, il-klabb ħa sehem fl-Ewwel Diviżjoni Ażerbajġana fl-istaġun 2009-10.[8][9] Fl-2010 huma saru ċampjins tal-Ewwel Diviżjoni li spiċċaw l-istaġun b'47 punt u ġew promossi lura għall-Premier League. Fl-2011, ġie deċiż li l-isem tal-klabb se jerġa jinbidel lura għal-Kapaz PFC.[10][11]