Em 1978, para entender melhor a estrutura e o funcionamento do Globo, João Roberto deixou a Redação e passou a trabalhar nas diferentes áreas de produção do jornal, familiarizando-se com os setores das oficinas, rotativas e composição. No ano seguinte, assumiu o cargo de diretor de Produção, coordenando o relacionamento entre os diversos setores do jornal e tendo sob seu comando a área industrial.

Em 1982, tornou-se vice-presidente do Globo, cargo que, a partir de 1985, passou a acumular com o de vice-presidente da Rede Globo de Televisão (nessa função ficou até o final de 1997). Em 1991, João Roberto assumiu a Direção-Geral da Fundação Roberto Marinho, nela permanecendo até dezembro de 1994. Em 1993, participou da criação do Viva Rio.

Em 1998, Roberto Marinho e os filhos – João Roberto, Roberto Irineu e José Roberto Marinho – deixaram suas funções executivas nas empresas e formaram o Conselho de Gestão das Organizações Globo, voltado para questões estratégicas do grupo. João Roberto Marinho tornou-se presidente dos conselhos Editorial e Institucional do Grupo Globo e vice-presidente do Conselho de Administração.

Em fevereiro de 2022, com a saída de Jorge Nóbrega da presidência-executiva da Globo após a conclusão do programa de transformação Uma Só Globo, João Roberto Marinho assumiu o cargo de presidente do Grupo Globo, responsável também por presidir o Conselho de Administração. Exerce ainda o cargo de vice-presidente da Associação Nacional de Jornais e da Associação Brasileira de Emissoras de Rádio e Televisão (Abert).

João Roberto é casado e pai de 3 filhos.