Em 2001, com 12 anos de existência, o programa passou a ser exibido às 7h30, sendo transmitido pelo canal Futura, pela Globo News e pela Globo Internacional. Em abril deste ano, foi inaugurado o Portal do Pequeno Empresário, com informações do programa de TV, além de conteúdos e serviços essenciais à formação e ao trabalho do pequeno empreendedor, entre dados sobre cursos à distância, classificados e banco de currículos.
No dia 13 de dezembro de 2009, o programa completou 21 anos no ar e passou por uma renovação, mudando o cenário, a abertura e as vinhetas. No estúdio, a apresentadora Esther Jablonski entrevistou o repórter mais antigo do programa, Marcelo Baccarini, que completava 18 anos trabalhando nas reportagens do Pequenas Empresas. Na entrevista, Baccarini disse que calculava ter feito mais de 1.500 matérias. O repórter contou sua trajetória e falou sobre a função social do PEGN, que seria mostrar exemplos bem sucedidos e dar dicas de negócios, contribuindo para o desenvolvimento das empresas e para a sobrevivência dos pequenos empreendimentos no Brasil.
Ainda na edição comemorativa, empresários do ramo de brindes mostraram como estavam se preparando para a Copa do Mundo de Futebol de 2010. A equipe do Pequenas Empresas & Grandes Negócios também conversou com Luiz Salvador, organizador da maior feira de brindes do país.
Em 2009, o programa já havia apresentado superado 900 edições, com mais de três mil reportagens.