Além do Projac, as cenas de 'O Sistema' foram gravadas em Cabo Frio, na Região dos Lagos do Rio de Janeiro, e em Londres, na Inglaterra. Selton Mello (Matias C./ Matt) e Lúcia Bronstein (Trash / Léa M.) ficaram três dias na capital inglesa para as gravações do seriado.Com cenas de perseguições, explosões e elementos de ficção científica, os efeitos especiais e visuais foram fundamentais na trama de O Sistema. A cena da explosão da usina precisou ser feita em três etapas e demandou a elaboração de maquetes e o trabalho da equipe de computação gráfica.
Trilha Sonora
O tema de abertura era 'Top Top', de Os Mutantes e Arnolpho Lima Filho.
As equipes de figurino e de caracterização adotaram uma estética anos 1980, mas com misturas de tendências de todas as épocas. Um visual elegante e austero foi criado para os representantes do Sistema, cuja ambição pelo poder estava espelhada em um figurino milimetricamente arrumado. Já os excluídos tinham um figurino mais natural, mais cotidiano: usavam roupas de brechó misturadas a peças de marca. 'O Sistema' apresentou uma estética inspirada em histórias em quadrinhos, em especial o visual dos vilões.
Em conjunto com a equipe de produção de arte, os cenógrafos criaram dois ambientes antagônicos: o dos excluídos e o dos representantes do Sistema. O primeiro era escuro e tinha cores quentes, fazendo parecer um tanque dentro de um navio abandonado. Já o call center e a sede da Sachen Lächerlich eram ambientes claros, acéticos, o que dava a impressão de que tudo funcionava bem. Mas, ao mesmo tempo, essa clareza tinha o objetivo de fazer tudo soar falso.
Para criar o módulo lunar nas dunas de Cabo Frio, as equipes se basearam naquele usado na primeira ida do homem à Lua. A estrutura, feita a partir de madeira, isopor e papel, foi montada no meio das dunas, sem muita sustentação. O trabalho foi dificultado pela incidência do vento, que levantava muita areia. Para criar o meteorito, levantaram-se os registros de meteoros caídos na Terra. O objetivo era reproduzir uma peça de forma naturalista. O meteorito cenográfico era de espuma, com pedras de verdade incrustadas em algumas partes. Era leve o suficiente para ser carregado pelos atores, porém firme para sustentar uma pessoa sentada em cima.
As equipes também criaram um pequeno disco-voador de alumínio, sem janela, todo fechado, com dois pratos fixos e uma saia giratória, no estilo dos do filme 'O Dia em que a Terra Parou' (1951), de Robert Wise. Os anos 1970 e 1980 serviram de referência para a seleção dos carros utilizados por alguns personagens, apesar de a história não se passar em um tempo determinado.