Dirigida pela bela e inteligente Isa (Giovanna Antonelli), filha de Pasqualete, o Múltipla Escolha passa a ser o palco principal da ação da novelinha teen, ao lado do bar Guacamole, ponto de encontro dos alunos, mais tarde rebatizado Gigabyte.
A protagonista da nova temporada é a doce Tatiana (Priscila Fantin), uma jovem de 16 anos, recém-chegada ao Múltipla Escolha. Ela se descobre apaixonada por Rodrigo Chaves (Mário Frias), artilheiro do time de pólo aquático e namorado de sua amiga de infância, Érica Schmidt (Samara Felippo).
'Malhação Múltipla Escolha (1999)': cena em que Tatiana (Priscila Fantin) e Rodrigo (Mário Frias) se conhecem. 'Malhação' foi o primeiro trabalho da atriz na Globo.
As duas amigas sofrem muito com a situação, até que Érica se apaixona por Touro (Roger Gobeth), líder do time de pólo aquático e grande amigo de Rodrigo. Depois de resolvidos os conflitos amorosos, os dois casais – Tatiana e Rodrigo, Érica e Touro –tornam-se amigos ainda mais próximos.
Tatiana mora com o pai, Rubem (Paulo Gorgulho), a mãe, Cláudia (Lilia Cabral), o irmão mais novo, Marquinhos (Daniel de Oliveira), e a empregada Maria Maravilha (Sílvia Pongetti). A família é um dos principais núcleos dramáticos da novela nesta temporada. Rubem é jovial e mulherengo e, em determinado momento, tem uma relação extraconjugal que se transforma numa crise. No processo, Cláudia toma as rédeas da casa e se transforma na provedora da família.
Marquinhos se envolve com Marina (Natalia Lage), a irmã mais nova de Mocotó. No início, é apenas um namoro sem compromisso, que o rapaz reluta em assumir publicamente. Mas a moça engravida, e ele decide sair da casa dos pais e constituir família. O casal de adolescentes vive, então, uma história de amor e cumplicidade.