A história começa em 1899, no Acre, e mostra a vida nos seringais no período áureo da borracha, quando apenas a região era produtora do material e despertava o interesse do mundo inteiro. De um lado, a família do seringueiro Bastião (Jackson Antunes). De outro, a do seringalista Firmino (José de Abreu). Fugindo da seca nordestina, Bastião chega ao Acre com a esperança de conseguir um futuro melhor para sua família. Ele é casado com Angelina (Magdale Alves), com quem tem dois filhos: Delzuite (Daniela Pinto) e Bento (Thiago Oliveira). Bastião se decepciona quando chega ao seringal Santa Rita, propriedade de Firmino, e percebe que a prosperidade que esperava ter não passa de ilusão. Assim como os demais seringueiros, Bastião e sua família estão nas mãos do coronel, que controla todos os seus gastos, monopolizando os produtos à venda no armazém e estabelecendo preços abusivos. Além disso, os seringueiros são obrigados a vender para o dono do seringal onde trabalham o látex que conseguiram.
Os anos passam, e Bastião vai nutrindo ódio pelo coronel Firmino. Com a ajuda do padre José (Antonio Calloni), ele e outros seringueiros passam a reivindicar seus direitos. Outro personagem central da primeira fase da história é Luiz Galvez (José Wilker). Paralelamente às tramas do seringal, a minissérie mostra a chegada do espanhol em Manaus, onde ele encontra uma antiga amiga, a bela Lola (Vera Fisher), uma cortesã esperta e ambiciosa, apaixonada por ele. Os dois decidem abrir uma casa noturna, que passa a ser frequentada pelos grandes coronéis da borracha. Através do cabaré, Galvez descobre que a Bolívia está prestes a arrendar a região do Acre a um consórcio anglo-americano e decide iniciar um movimento pela conquista do Acre. A primeira fase também apresenta o advogado José de Carvalho (Juca de Oliveira), personagem que batalha para conquistar a independência do Acre. Ele é amigo e advogado de Firmino.
Sedutor, Galvez atrai e se envolve com muitas mulheres. Além de Lola, ele tem uma história mal resolvida com Beatriz (Débora Bloch). No início da trama, Beatriz é amante de Galvez. Bonita e cheia de vida, Beatriz vive no Rio de Janeiro com o marido Gomes (Paulo Betti). Ela acredita nas promessas do espanhol e decide abandonar o marido para fugir com ele. Galvez, no entanto, não cumpre o prometido e parte sozinho para Manaus. Abandonada pelo amante e pelo marido, Beatriz decide ir atrás de Galvez, em Manaus. No norte do país, depois de se envolver com Lola, Galvez se apaixona por Maria Alonso (Christiane Torloni), dançarina da Companhia Zarzuela, que se apresenta em seu cabaré. A dançarina não resiste aos encantos do espanhol e decide largar o marido Gianni (Osmar Prado) e a carreira para ficar com ele. Quando Galvez decide ir para o Acre para lutar pela independência do estado, Maria Alonso se arrepende de ter deixado o marido. Com o passar do tempo, ela pede perdão a Gianni, e os dois se reconciliam. Já Beatriz não consegue esquecer Galvez e passa as três fases da história sofrendo por não ter conseguido ficar ao lado de seu amor.
Conflito no Acre
Ciente da conflituosa situação do Acre, Galvez decide agir. O estado vive uma difícil situação, pois, apesar de ser território boliviano, fora povoado por brasileiros que migravam do Nordeste, atraídos pela exploração da borracha. Quando a Bolívia decide retomar seu território, de olho no lucro obtido com o látex extraído das seringueiras, o governo brasileiro não se opõe, pois a região, de acordo com o Tratado de Ayacuchi, pertencia ao país vizinho. O povo acreano se revolta com a situação, e seringueiros, liderados por Galvez, resistem à ocupação boliviana. Em 14 de julho, concretizam a criação do Estado Independente do Acre, com capital na cidade do Acre, antes chamada Puerto Alonso. Galvez é aclamado presidente do novo país, com bandeira e hino próprios.
Com o tempo, Galvez acaba despertando o descontentamento de muitos seringalistas, que se revoltam com os impostos cobrados pelo novo governo. Galvez acaba sendo deposto pelo seringalista Antônio de Souza Braga (Kadu Moliterno), que não consegue se manter no poder e devolve o comando ao espanhol. O governo federal brasileiro, porém, sabendo que o não cumprimento do tratado coloca em risco suas relações internacionais, ameaça entrar em guerra com o novo país. Sem saída, Galvez é destituído, e o Brasil devolve a região do Acre à Bolívia. Galvez, com malária, parte para Belém, onde fica durante um tempo, até retornar à Espanha.
A luta pela independência do estado do Acre
Enquanto isso, Plácido de Castro (Alexandre Borges), jovem militar gaúcho, decide tentar a sorte no norte do país, demarcando seringais na Amazônia. Apesar de jovem, é um homem austero e rígido, um militar por vocação. É nesse mesmo momento que o ex-governador do Acre, Ramalho Jr. (Cláudio Marzo), financia a Expedição dos Poetas, sem o conhecimento do governo central, liderada por Orlando Lopes (Tarcísio Filho), com o apoio de Rodrigo de Carvalho (Werner Schünemann). A intenção é expulsar os bolivianos e retomar o Acre.
O levante intelectual, no entanto, é derrotado. Amigo de Plácido, Orlando o convoca para liderar um novo embate. Plácido aceita e passa a ensinar noções militares e treinar os seringueiros, que, armados com facões, conseguem derrotar o exército formal boliviano. Ao alcançar Xapury e obter a adesão de toda população local, Plácido proclama a independência do estado do Acre e é aclamado governador do estado independente. A Bolívia reage novamente, mas é derrotada. O governo brasileiro interfere e envia tropas à região, com o intuito de tomar o poder. Plácido recusa-se a lutar contra o Exército brasileiro e dissolve o Exército acreano. O militar decide se mudar para o Rio de Janeiro. Quando volta ao Acre, algum tempo depois, é nomeado prefeito, mas por pouco tempo. Em agosto de 1908, Plácido de Castro sofre uma emboscada e morre. Apesar da luta de sua família por justiça, seus assassinos nunca foram punidos.
Segunda Fase - A decadência do ciclo da borracha
Há uma passagem de tempo de quatro décadas, e a segunda parte da minissérie tem início na década de 1940. A fase retrata o período de decadência da borracha e é contada através de tramas ficcionais. Com a plantação organizada das seringueiras na Malásia, o Brasil perde a liderança na produção e vê o preço do látex cair no mercado. Nessa segunda fase, toda a riqueza decorrente do ciclo da borracha estava distribuída desigualmente, o que acentuava ainda mais a diferença entre as classes dominantes e os seringueiros.
O coronel Firmino morre e, como seu filho Tavinho (Paulo Nigro) mora na Europa, cabe a Augusto (Humberto Martins) a tarefa de cuidar dos negócios do pai. E ele se torna um patrão tão injusto quanto Firmino. Augusto está de casamento marcado com a doce Risoleta (Julia Lemertz), mas ele é amante de Anália (Letícia Spiller), mulher de Tiburtino (Ernani Moraes). Leandro (Dan Stulbach), filho de Firmino com uma amante, Justine (Leona Cavalli / Zezé Polessa), não gosta do jeito que Augusto trata Risoleta, por quem é apaixonado. Além disso, como Leandro é um homem digno e honesto, discorda da maneira como seu irmão trata os seringueiros. Ao longo da trama, Leandro declara seu amor a Risoleta. No início, ela resiste, mas, aos poucos, acaba cedendo às investidas do cunhado. Com medo da perseguição de Augusto, os dois decidem fugir juntos. Quem não gosta nada da aproximação de Leandro e Risoleta é Beatriz (Irene Ravache), irmã de Julia (Malu Valle), falecida esposa de Firmino. Ela acha que o filho bastardo de Firmino pode atrapalhar o casamento de Augusto, assim como Justine o fez com o casamento de Julia. Beatriz e Justine vivem trocando farpas e não escondem a raiva que sentem uma da outra.
Terceira Fase - Chico Mendes
A terceira fase da história se passa na década de 1980 e apresenta Chico Mendes (Cássio Gabus Mendes) adulto, a terceira figura emblemática na história do Acre. Preocupado com a exploração desenfreada da floresta amazônica e a precária situação dos seringueiros, Chico Mendes decide se organizar para lutar por mudanças. Além da desvalorização dos seringais, da exploração dos fazendeiros locais, que desmatavam as áreas para transformá-las em pastos de gado, a construção da Transamazônica também leva prejuízo para a região. Chico Mendes une seringueiros e índios em uma grande frente e desperta a revolta dos fazendeiros locais.
O grande amigo de Chico Mendes é Bento (Lima Duarte), personagem que acompanha toda a história do seringal. Seu amigo de infância Augusto (Francisco Cuoco), também esteve presente nas três fases da minissérie e ilustrou a trajetória dos coronéis da borracha, desde o auge da exportação do látex, no final do século XIX, até a decadência dos seringais, vendidos a agropecuaristas e transformados em pasto para gados. O doce e honesto Bento é casado com Carminha (Cristiana Oliveira), mas nunca esqueceu Ritinha, seu único e verdadeiro amor. Com o apoio de outros líderes seringueiros, Bento e Chico Mendes lutam contra os interesses de Tavares (Paulo Goulart), Darly Alves (Ricardo Petráglia) e Brito (Tato Gabus Mendes), poderosos fazendeiros da região.
Os três decidem neutralizar as ações de Chico Mendes e, para aterrorizar os seringueiros, mandam matar um deles, Wilson Pinheiro (Leonardo Medeiros). Os seringueiros ficam arrasados com a morte do companheiro, mas Chico Mendes não desiste de sua luta. Ele conta com o apoio de dois amigos influentes: a antropóloga Mary Alegretti (Sílvia Buarque) e o cineasta inglês Adrian (Leopoldo Pacheco). Mary vai para o Acre por conta de sua tese sobre seringais e acaba se tornando participante ativa na luta dos seringueiros. Ao lado de Chico Mendes, realiza o Projeto Seringueiro, que inclui o levantamento de escolas nos seringais e a formação de uma cooperativa. Depois de assistir a um discurso de Chico Mendes em Brasília, Adrian decide fazer um filme sobre ele e passa a segui-lo dia e noite. Através do apoio dos dois amigos, Chico Mendes consegue expor suas ideias para os membros de uma instituição financeira internacional em uma reunião nos Estados Unidos. O seringueiro vai a Washington e sensibiliza as autoridades estrangeiras para a causa da Amazônia. A repercussão do discurso de Chico Mendes é grande, e ele chega a ser entrevistado pelo jornal The New York Times. O financiamento aos fazendeiros no Acre é suspenso, o que gera revolta entre eles. Tavares, Brito e Darly não veem alternativa a não ser acabar com a vida de Chico Mendes. Ameaçado, o seringueiro passa a andar com seguranças.
Chico Mendes recebe diversos prêmios internacionais pelo serviço prestado à causa do meio ambiente e seu nome torna-se cada vez mais conhecido no mundo todo. Sua causa também era apoiada pelo padre Cláudio (Bertrand Duarte) e pelo jornalista Elson Martins (Alexandre Liuzzi), entre outros. O padre Cláudio defendia as ações de Chico Mendes em suas missas e também se tornou inimigo dos fazendeiros locais, que o obrigaram a deixar a cidade. Cláudio decide largar a batina em nome da luta pela preservação da Amazônia e ao apoio a Chico Mendes. O jornalista Elson Martins acompanhou de perto toda a saga de Chico Mendes, de 1975 até a sua morte, em dezembro de 1988. A situação se agrava quando Chico Mendes impede que Darly compre as terras dos seringueiros, e o fazendeiro tem suas terras desapropriadas pelo governo. Ciente dos inimigos que conquistou devido à sua luta, Chico dá uma entrevista à imprensa e afirma que será assassinado. Em 22 de dezembro de 1988, o seringueiro é baleado em sua própria casa, em Xapury, e morre nos braços de sua mulher, Ilzamar (Vanessa Giácomo), que assiste, sem poder fazer nada, à omissão dos policiais responsáveis pela segurança de seu marido.