A trama de Pedra sobre Pedra se passa na fictícia cidade de Resplendor, na Chapada Diamantina, sertão da Bahia. Murilo Pontes (Nelson Baskerville, na primeira fase) e Jerônimo Batista (Felipe Camargo) pertencem a famílias rivais e são apaixonados pela mesma mulher, Pilar (Cláudia Scher, na primeira fase).
A moça é noiva de Murilo, mas o abandona no altar, pois desconfia que sua melhor amiga espera um filho dele. Para se vingar, Pilar decide se casar com Jerônimo, com quem tem uma filha, Marina. Sua amiga morre durante o parto da filha, e Pilar assume a criação da menina, batizando-a de Eliane (Carla Marins, na segunda fase), o mesmo nome da mãe.
Pedra sobre Pedra: Pilar Batista e Murilo Pontes brigam
Murilo, por sua vez, casa-se com Hilda (Andrea Murucci, na primeira fase, e Eva Wilma, na segunda), tem um filho chamado Leonardo e se muda para Brasília para seguir carreira política. Vinte e cinco anos depois, Pilar (agora Renata Sorrah) quer fazer de Marina (Adriana Esteves) a prefeita de Resplendor. Murilo (agora Lima Duarte) deseja o mesmo futuro para seu filho Leonardo (Maurício Mattar).
Arqui-inimigos, os Batistas e os Pontes travam uma batalha: o herdeiro que vencer a eleição restabelece o poder de uma das duas famílias na cidade. Mas Pilar e Murilo, que na verdade escondem o amor que ainda sentem um pelo outro, não contavam com a paixão arrebatadora que une seus filhos, Marina e Leonardo, embora eles sejam adversários na disputa pela prefeitura da cidade. Sabendo da rivalidade entre suas famílias, os dois resolvem namorar em segredo.
Pedra sobre Pedra: Léo e Marina