Uma das dificuldades da produção de 'Pedra Sobre Pedra' foi o número de locais de gravação: a cidade de Lençóis (BA), onde a equipe teve de escalar despenhadeiros com equipamento às costas; os municípios fluminenses de Volta Redonda, Valença e Vassouras; e o Alto da Boa Vista, na cidade do Rio de Janeiro.

'Pedra Sobre Pedra' contou com a maior cidade cenográfica construída até então pela TV Globo. Pela primeira vez, foi usado também um calçamento em pedras de verdade, colocado sobre uma base de concreto, para não ser danificado por chuva ou lama. A construção do acampamento cigano, com três tendas de 60 m², exigiu um rigoroso trabalho de pesquisa. Na construção da gruta de 1.500 m², onde os personagens de Adriana Esteves (Marina) e Maurício Mattar (Leonardo) se encontravam às escondidas, a produção fez uso de fibra de vidro e materiais naturais, como pedra e areia.

Os figurinos de 'Pedra Sobre Pedra' tinham uma concepção atemporal e procuravam misturar detalhes de fantasia. O cordão usado pela personagem de Adriana Esteves (Marina) e um pingente da personagem de Andréa Beltrão (Ursula) viraram moda nacional. O figurino vibrante da cigana Vida, interpretada por Luiza Tomé, também fez sucesso. 

A morte do fotógrafo Jorge Tadeu (Fábio Jr.) rendeu uma das cenas mais marcantes da novela. Seu corpo apareceu coberto de borboletas, numa imagem montada com efeitos especiais. A direção contou com a consultoria de biólogos para a realização da cena. Houve todo um mistério sobre o assassino, só revelado nos capítulos finais: Gioconda (Eloísa Mafalda).