Logo no inicio da trama, um trágico acidente marca a relação de Letícia e Gustavo. Os jovens também enfrentam as armações de Natasha, cantora e baixista da banda da qual Gustavo faz parte.
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Entre as novidades da temporada, o professor Pasquale descobre que tem um filho, fruto de um antigo relacionamento.
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A ampliação das instalações do colégio Múltipla Escolha, a transformação da antiga lanchonete em uma biblioteca e a reforma do Gigabyte foram algumas das mudanças na cenografia dessa temporada.
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Malhação Múltipla Escolha 2004
'Te Levar', do Charlie Brown Jr., seguiu sendo a música de abertura. A trilha sonora de 'Malhação Múltipla Escolha 2004' contava com quatro músicas compostas pela Vagabanda: 'Você Sempre Será', 'Versos Mudos', 'Reflexos do Amo'r e 'Por Mais Que Eu Tente'.
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