Nessa temporada a trama gira em torno do romance de Pedro (Henri Castelli) e Julia (Juliana Silveira). Por conta de um erro médico cometido pelo pai de Julia, o romance sofrerá reviravoltas. E o Múltipla Escolha tem novos integrantes. Thaíssa (Bárbara Borges), Charles (Miguel Thiré) e Maumau (Cauã Raymond) são os novos alunos e Letícia (Joana Limaverde), Mariana (Márcia Barros) e Marcão (Carlos Bonow) os novos professores.
As famílias Miranda e Rodrigues formam dois núcleos tendo Pedro e Júlia como protagonistas. Pedro e Kailani são filhos de César, um esportista nato e apresentador de um programa de esportes radicais. César será vítima de um erro médico que vai virar a sua vida de cabeça para baixo. Débora, namorada de César, que tem uma relação tumultuada com os filhos dele, lhe dará muito apoio.
Um dos alunos novos do Múltipla Escolha é o surfista Maumau (Cauã Reymond) , grande amigo de Pedro. Maumau também se torna parceiro de Cabeção (Sérgio Hondjakoff), com quem passa por várias aventuras, principalmente depois que os dois compram um carro velho, que reformam e batizam de Ogromóvel para impressionar as meninas.
Essa temporada de Malhação Múltipla Escolha marcou a estreia do ator Cauã Raymond na Globo. Marcou também o reencontro, após 15 anos, dos atores Kadu Moliterno e André de Biase, que viveram os heróis Juba e Lula nos seriados de aventura Armação Ilimitada (1985) e Juba & Lula (1989).
Nesta temporada foram lançados dois CDs com a trilha sonora de Malhação Múltipla Escolha. O álbum nacional trazia músicas de artistas como Charlie Brown Jr., Titãs, O Rappa, Capital Inicial, Biquíni Cavadão e Vanessa Rangel, entre outros.