Molekyl er to eller flere atomer som er bundet sammen med en kjemisk binding. Kjemiske bindinger er det som holder atomene sammen. Det finnes ulike typer kjemiske bindinger.
Det aller minste molekylet er hydrogenmolekylet (H2). Det består av to atomer av hydrogen.
De aller største molekylene kalles makromolekyler. De kan bestå av flere tusen atomer.
Molekyler kan være nøytrale eller elektrisk ladet. Ladningen kan være positiv eller negativ. Elektrisk ladde molekyler kalles ioner.
Molekyler kan også være polare. Det vil si at det er litt flere elektroner i ett område av molekylet enn det er i et annet. Vann (H2O) er et eksempel på et molekyl som er polart.