Սկզբնապես քաղաքի տարածքը հանդիսանում էր Բարոլոնգ ցեղի ղեկավարների նստավայրը, որը պատկանում էր ցվանային։ 1880-ական թվականներին բրիտանացի գաղութարարները առաջնորդներից հող գնելով, հիմնեցին Մաֆիկենգ բնակավայրը, որը ցվանա լեզվից թարգմանվում է որպես քարերի տեղ։ Ավելի ուշ բնակիչները սկսեցին արտասանել անունը որպես Մաֆեկինգ։ Երկրորդ անգլո-բուրական պատերազմի ժամանակ քաղաքը, որի կայազորը ղեկավարում էր Ռոբերտ Բադեն-Փաուելը, պաշարեց բուրամին 1899 թվականիհոկտեմբերից մինչև 1900 թվականիմայիսը, որից հետո նրանք հեռացրեցին պաշարումը։ Քաղաքն ի սկզբանե պատկանել է Բեչուանալանդի գաղութին, լինելով նրա կենտրոնը։ 1885-1965 թվականներին Մաֆիկենգում գտնվում էր նաև հարևան Բեչուալանդի պրոտեկտորատի կենտրոնը։
1970 -ական թվականներին քաղաքում էր գտնվում Բանտուստանի ժամանակավոր մայրաքաղաք Բոպուտաթսվասը, որի կազմում այն չէր մտնում։ Շուտով մոտակայքում կառուցվում է Բանտուստանի մայրաքաղաք Մմաբաթոն։ 1980 թվականին քաղաքը պաշտոնապես վերանվանվել է Մաֆիկենգ։ 1994 թվականին Բանտուստանի վերացումից հետո Մաֆիկենգը և Մմաբաթոն միավորվում են, իսկ Մաֆիկենգը դառնում է Հյուսիսարևմտյան նահանգի մայրաքաղաք։