Naquele momento, ainda estava em curso o processo de profunda transformação do jornal, iniciado no ano anterior. Além de reorganizar a produção, O Globo ganharia uma edição dominical e novas editorias. João Roberto atuou em diferentes frentes. Foi diagramador do Segundo Caderno, repórter e subeditor de Esporte e subeditor de Economia.

Para entender melhor a estrutura e o funcionamento do Globo em sua totalidade, deixou a redação, em 1978, e passou a trabalhar nas diferentes áreas da produção do jornal, conhecendo de perto os setores das oficinas, rotativas e composição. Tornou-se diretor de produção e, em 1982, assumiu a vice-presidência do jornal.

João Roberto Marinho participou da implantação de outros projetos de grande sucesso do Globo, como o lançamento, em março de 1982, dos ‘Jornais de Bairro’. Em 1985, passou a acumular vice-presidência do jornal com a da Rede Globo de Televisão, cargo que ocuparia até o final de 1997.

Antes disso, entre 1991 e 1994, assumiu também a direção-geral da Fundação Roberto Marinho. Nesse período, ao lado de outras lideranças da imprensa fluminense, participou de importantes mobilizações da sociedade civil, como a campanha de contenção da violência e de recuperação da cidade do Rio de Janeiro que daria origem, em 1993, ao Viva Rio.

Em 1998, João Roberto deixou, junto com o pai e os irmãos, as funções executivas nas empresas e passou a fazer parte do primeiro conselho de gestão do Grupo Globo, voltado para as questões estratégicas do grupo. Assumiu a presidência do Conselho Editorial e as vice-presidências de Relações Institucionais e do Conselho de Administração do Grupo Globo.

Como responsável pelo direcionamento estratégico, relações institucionais e orientação editorial das empresas, João Roberto Marinho coordenou o trabalho de sistematização dos Princípios Editoriais do Grupo Globo, documento divulgado em 2011. Em 2015, coordenou a produção do Código de Ética e Conduta do Grupo Globo, com objetivo de estabelecer diretrizes e normas para orientar as empresas no que diz respeito às atividades internas, relação com agentes públicos e terceiros.

Também exerceu cargos executivos em entidades de classe como a Associação Brasileira de Emissoras de Rádio e Televisão (Abert) e a Associação Nacional de Jornais (ANJ).

Em 2021, João Roberto Marinho assumiu a presidência do Conselho de Administração do Grupo Globo, acumulando a função com a presidência do Conselho Editorial. No ano seguinte, assumiu a presidência do Grupo.