在「城市健康防護力指標報告」評比上，六都不分軒輊，對入冬後呼吸道傳染疾病，六都衛生局均感憂心，擔心爆發大規模流感疫情，及呼吸道融合病毒（ＲＳＶ）肆虐。
台灣疫苗推動協會榮譽理事長李秉穎表示，穩定的財政來源才能維持疫苗永續，建議可納入健保，編列專案經費，或以美國商保為例，採部分負擔方式，提高民眾疫苗的可近性。
新北市衛生局長陳潤秋也有同感，她指出，最近幾個月來，轄區內類流感通報數字顯示，不管是門診、急診，流感患者人數都比去年同期明顯增加，顯示流感病毒蠢蠢欲動。
新冠疫情 打亂疫苗接種
台南市衛生局長許以霖則擔心傳播速度更快速、具有氣溶膠傳播的新冠病毒變異株，可能在明年初引爆另一波疫情，但眼前則需正視流感、呼吸道融合病毒所帶來的威脅。
在疫苗接種上，各縣市安排公費疫苗優先順序，仍以中央為準則，桃園市衛生局副局長蘇柏文說，依照時程，帶狀皰疹疫苗排第一順位，即將以公費施打特定族群，但新冠疫情打亂了排序。
財源有限 補助面臨取捨
此外，財源有限，各縣市疫苗補助對象也面臨選擇，以桃市為例，口服輪狀疫苗優先提供中低收入戶的幼兒施打，避免重症造成家庭經濟負擔。
至於尚無疫苗可預防的疾病，令不少縣市頭痛，高雄市衛生局副局長潘炤穎表示，南部縣市好發屈公病、登革熱等病媒蚊相關病症，醫療端必須加強通報，落實「ＴＯＣＣ」機制，確實詢問並記錄旅遊史、職業別、接觸史、是否群聚等資訊。
打造城市防護力，不單只靠疫苗支撐，還需倚賴醫療應變力、公共衛生延伸觸角，台南市衛生局長許以霖表示，病毒侵襲社區時，考驗醫療量能調配，必須掌握全市急救責任醫院及第一線的負荷量能，並依照在地城市的城鄉差距特性，才能有效減害。
桃園高雄 境外移入添挑戰
至於桃園市、高雄市，還得面對國際機場、海港等境外移入的挑戰。桃園市衛生局副局長蘇柏文說，國門開放後，桃園機場不只是迎來旅客，也會是新型、跨國傳染病入台的第一站，為此，衛生局密切與北區管制中心溝通，隨時接收中央觀測的任何疫情資訊。
高雄市衛生局副局長潘炤穎指出，有別於空港，國際型海港腹地大、商船人員繁雜，更具挑戰，必須出動科技、AI大數據進行防堵。
面對疫情與流感夾擊，台北市衛生局長黃世傑說，台北市首度在社區設站以及校園接種服務採用電子意願書簽署，事前徵詢民眾意願，以減少紙本整理及人供比對輸入；此外針對長者、幼兒不同族群分別寄送明信卡、簡訊催種方式，提升打氣。
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