Le joueur incarne le maître ninjaJoe Musashi qui doit sauver Naoko, sa fiancée kidnappée par le criminel Neo Zeed. Le jeu se déroule à travers huit environnements tels qu'une forêt japonaise, une forteresse sous-marine ou des bases militaires américaines[1].
Le gameplay de The Revenge of Shinobi utilise 3 boutons permettant autant d'actions différentes : sauter / frapper-lancer de shuriken / invocation-magie. Le jeu se situant entre action et plate-forme il est toujours possible de lancer des shuriken à distance, de frapper ses adversaires à proximité à l'aide d'un katana ou d'un coup de pied, et devient possible d'exécuter des doubles sauts qui, combinés au bouton de frappe, permettent l'envoi d'une salve de shuriken (attention, cette pratique consomme énormément de projectiles). À l'aide de son Katana, le ninja pourra aussi bloquer les shurikens ennemis. Mais tout cela ne serait rien sans les fameuses magies dont bénéficie le héros, il peut se désintégrer (il perd une vie dans ce cas) tout en éliminant les ennemis alors présents sur le tableau, il peut devenir insensible a quatre assauts ennemis, il a aussi la possibilité d'exécuter des sauts immenses (ce sort reste activé jusqu'à la mort du héros et/ou la fin du niveau) et enfin il peut invoquer un dragon de flammes qui fera souffrir ses ennemis.
Il existe différentes versions officielles du jeu dans lesquelles le joueur peut croiser le chemin de personnages connus comme « Batman », « Godzilla », « Spider-man » (dont le nom est mentionné au début du jeu), « Rambo » et « Terminator ». Certains sprites ont été modifiés dans la version définitive à la suite, semblerait-il, d'une non-obtention des droits d'exploitation des personnages. L'homme araignée et "Terminator" restent cependant présents mais sous un autre nom...
