NDFIP2
Protein 2 porodice NEDD4 je protein koji je kod ljudi kodiran genom NDFIP2 sa hromosoma 13. Citogenetička lokacija gena je 13q31.1, a genomske koordinate (GRCh38): 13:79,481.154 – 79,556.076 (prema NCBI).
Utvrđeno je da gen NDFIP2 sadrži sedam egzona i raspon od 69,8 kb. Promotorska regija ima više mjesta vezivanja za transkripcijske faktore, uključujući NFAT1 (NFATC2) i ELK1.[5][6][7]
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 336 aminokiselina, a molekulska težina 36.390 Da.[8]
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MARRRSQRVC | ASGPSMLNSA | RGAPELLRGT | ATNAEVSAAA | AGATGSEELP | ||||
PGDRGCRNGG | GRGPAATTSS | TGVAVGAEHG | EDSLSRKPDP | EPGRMDHHQP | ||||
GTGRYQVLLN | EEDNSESSAI | EQPPTSNPAP | QIVQAASSAP | ALETDSSPPP | ||||
YSSITVEVPT | TSDTEVYGEF | YPVPPPYSVA | TSLPTYDEAE | KAKAAAMAAA | ||||
AAETSQRIQE | EECPPRDDFS | DADQLRVGND | GIFMLAFFMA | FIFNWLGFCL | ||||
SFCITNTIAG | RYGAICGFGL | SLIKWILIVR | FSDYFTGYFN | GQYWLWWIFL | ||||
VLGLLLFFRG | FVNYLKVRNM | SESMAAAHRT | RYFFLL |
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Kloniranje i ekspresija
[uredi | uredi izvor]Sekvenciranjem klonova dobijenih iz biblioteke cDNK frakcionirane veličine mozga, Hirosawa et al. (1999) klonirali NDFIP2, koji su označili kao KIAA1165. 3' UTR cDNK sadrži kratki isprekidani jedarni element. RT-PCR ELISA test otkrio je umjerenu ekspresiju u mozgu, jetri, bubrezima i kimenoj moždini odraslih, te u fetusnom mozgu i jetri. Ekspresija je bila niska u srcu odraslih, skeletnim mišićima, gušterači i jajnicima, s malo ili bez ekspresije u plućima, slezeni i sjemenicima. Visoka ekspresija otkrivena je u kaudalnom jezgru i hipokampusu, s umjerenim nivoima u svim drugim specifičnim regijama mozga. Hirosawa, M., Nagase, T., Ishikawa, K., Kikuno, R., Nomura, N., Ohara, O. Characterization of cDNA clones selected by the GeneMark analysis from size-fractionated cDNA libraries from human brain. DNA Res. 6: 329-336, 1999. PubMed: 10574461</ref>
Analizom mikročipova, Cristillo et al. (2003) identifikovali su NDFIP2, koji su nazvali N4WBP5A, kao gen koji je reguliran nakon aktivacije T-ćelija i snižen imunosupresivnim agensima. Klonirali su N4WBP5A analizom baze podataka i RT-PCR-om ukupne RNK leukocita ljudske periferne krvi. Izvedeni protein od 242 aminokiseline ima izračunatu molekulsku masu od 27,1 kD. Ima tri navodna transmembranska segmenta u C-terminalnoj polovini, dva pretpostavljena motiva vezana za WW bogata prolinom (PPxY), nekoliko mjesta vezivanja SH2 i SH3 i nekoliko mjesta fosforilacije serina i treonina. Northern blot analiza otkrila je transkript od 4,4 kb u mozgu i plućima te transkripte od 4,4 i 2,4 kb u srcu, skeletnim mišićima, bubrezima, jetri i posteljici. Ekspresija nije otkrivena u leukocitima periferne krvi u mirovanju. Fluorescento označeni i endogeni N4WBP5A kolokaliziran je s Golgijevim markerom i djelimično kolokaliziran s mitohondrijama i markerima endoplazmatskog retikuluma. Western blot analiza otkrila je N4WBP5A, pri prividnoj molekulskoj masi od 29 kD.
Konstas et al. (2002) klonirani mišji N4wbp5a. Mišji i ljudski proteini dijele više od 90% identiteta. Northern blot analiza otkrila je najveću ekspresiju N4wbp5a u mozgu, jetri, bubrezima i testisima miša. Imunohistokemijska analiza bubrega štakora otkrila je N4wbp5a u distalnim izuvijanim tubulama i ćelijama [[sabirni kanaal|sabirnćih kanala, gdje se lokalizirao u citosolu, uglavnom na bazolateralnoj strani. Bojenje je također otkriveno u perijedarnim regijama i unutar struktura nalik vezikulama. Vanjski i unutrašnji medulski sabirni kanali također su pokazali snažno unutarćelijsko obojenje.[9]
Funkcija gena
[uredi | uredi izvor]Koristeći eksperimente koimunoprecipitacije, Cristillo et al. (2003) pokazali su da N4WBP5A stupa u interakciju s WW domenima NEDD4, ubikvitin-ligaze E3. Budući da je N4WBP5A bio pojačano reguliran u aktiviranim T-limfocitima, sugerirali su da N4WBP5A može imati regulatornu ulogu u moduliranju aktivnosti NEDD4 u T-ćelijama Golgijevog aparata.[10]
Konstas et al (2002) otkrili su da ekspresija sisarskog N4wbp5a u oocitima u rodu Xenopus povećava površinsku ekspresiju amilorid-osjetljivog epitelnog natrijevog kanala (ENaC), smanjenjem brzine pronalaženja ENaC-a. N4wbp5a je spriječio natrijsku povratnu inhibiciju ENaC-a, vjerovatno ometajući regulaciju ENaC-a, posredovanu Nedd4-2 (NEDD4L). Predložili su da N4WBP5A regulira dostupnost i promet NEDD4/NEDD4-2, a Shearwin-Whyatt et al. (2004) pokazali su da su oba PPxY motiva N4wbp5a sisara vezana za WW domen Nedd4 i nekoliko proteina porodice Nedd4. Sveprisutnost N4wbp5a pojačana je Nedd4-om i Nedd4-2, ali ubikvitinacija nije značajno utjecala na promet proteina N4wbp5a. Ektopijskna ekspresija N4wbp5a u HeLa želijama inhibirala je receptor-posredovanu endocitozu obilježenog epidermalnog faktora rasta (EGF), a prekomjerna ekspresija N4wbp5a inhibirala je nakupljanje EGF-a u velikim endocitnim/lizosomnim vezikulama. Shearwin-Whyatt et akl. (2004) predložili su da N4WBP5A djeluje kao adapter za regrutiranje ubikvitin-proteinskih ligaza iz porodice NEDD4 u mehanizmima za promet proteina.[11]
Interakcije
[uredi | uredi izvor]Pokazano je da NDFIP2 komuniciraju sa NEDD4.[12]
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000102471 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000053253 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Hirosawa M, Nagase T, Ishikawa K, Kikuno R, Nomura N, Ohara O (Jan 2000). "Characterization of cDNA clones selected by the GeneMark analysis from size-fractionated cDNA libraries from human brain". DNA Res. 6 (5): 329–36. doi:10.1093/dnares/6.5.329. PMID 10574461.
- ^ Konstas AA, Shearwin-Whyatt LM, Fotia AB, Degger B, Riccardi D, Cook DI, Korbmacher C, Kumar S (Aug 2002). "Regulation of the epithelial sodium channel by N4WBP5A, a novel Nedd4/Nedd4-2-interacting protein". J Biol Chem. 277 (33): 29406–16. doi:10.1074/jbc.M203018200. PMID 12050153.
- ^ "Entrez Gene: NDFIP2 Nedd4 family interacting protein 2".
- ^ "UniProt, Q9NV92". Pristupljeno 3. 8. 2021.
- ^ Konstas, A.-A., Shearwin-Whyatt, L. M., Fotia, A. B., Degger, B., Riccardi, D., Cook, D. I., Korbmacher, C., Kumar, S. Regulation of the epithelial sodium channel by N4WBP5A, a novel Nedd4/Nedd4-2-interacting protein. J. Biol. Chem. 277: 29406-29416, 2002. PubMed: 12050153
- ^ Cristillo, A. D., Nie, L., Macri, M. J., Bierer, B. E. Cloning and characterization of N4WBP5A, an inducible, cyclosporine-sensitive, Nedd4-binding protein in human T lymphocytes. J. Biol. Chem. 278: 34587-34597, 2003. PubMed: 12796489
- ^ Shearwin-Whyatt, L. M., Brown, D. L., Wylie, F. G., Stow, J. L., Kumar, S. N4WBP5A (Ndfip2), a Nedd4-interacting protein, localizes to multivesicular bodies and the Golgi, and has a potential role in protein trafficking. J. Cell Sci. 117: 3679-3689, 2004. PubMed: 15252135
- ^ Cristillo, Anthony D; Nie Linghu; Macri Mirtha J; Bierer Barbara E (Sep 2003). "Cloning and characterization of N4WBP5A, an inducible, cyclosporine-sensitive, Nedd4-binding protein in human T lymphocytes". J. Biol. Chem. 278 (36): 34587–97. doi:10.1074/jbc.M304723200. ISSN 0021-9258. PMID 12796489.
Dopunska literatura
[uredi | uredi izvor]- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS...9916899M. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Matsuda A, Suzuki Y, Honda G, et al. (2003). "Large-scale identification and characterization of human genes that activate NF-kappaB and MAPK signaling pathways". Oncogene. 22 (21): 3307–18. doi:10.1038/sj.onc.1206406. PMID 12761501.
- Cristillo AD, Nie L, Macri MJ, Bierer BE (2003). "Cloning and characterization of N4WBP5A, an inducible, cyclosporine-sensitive, Nedd4-binding protein in human T lymphocytes". J. Biol. Chem. 278 (36): 34587–97. doi:10.1074/jbc.M304723200. PMID 12796489.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Dunham A, Matthews LH, Burton J, et al. (2004). "The DNA sequence and analysis of human chromosome 13". Nature. 428 (6982): 522–8. Bibcode:2004Natur.428..522D. doi:10.1038/nature02379. PMC 2665288. PMID 15057823.
- Shearwin-Whyatt LM, Brown DL, Wylie FG, et al. (2005). "N4WBP5A (Ndfip2), a Nedd4-interacting protein, localizes to multivesicular bodies and the Golgi, and has a potential role in protein trafficking". J. Cell Sci. 117 (Pt 16): 3679–89. doi:10.1242/jcs.01212. PMID 15252135.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.