聚合酶链式反应:修订间差异

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{{不是|核酸檢測|快篩}}
[[File:Pcr machine2.jpg|thumb|200px|PCR所配的热循环设备]]
'''聚合酶連鎖反應'''({{lang-en|Polymerase chain reaction}},[[縮寫]]:'''PCR'''又稱'''多聚酶链式反應),''',是一项利用[[DNA複製复制|DNA双链复制]]的原理,在生物体外复制特定DNA片段的核酸合成技术。透过这項技术,可在短时间内大量扩增[[目的基因]](標的基因)<ref>{{Cite web |url=https://www.termonline.cn/word/1345967451577348100/1 |title=存档副本 |access-date=2022-03-26 |archive-date=2022-05-02 |archive-url=https://web.archive.org/web/20220502032323/https://www.termonline.cn/word/1345967451577348100/1 }}</ref><ref>{{Cite web |url=http://terms.naer.edu.tw/detail/5461049/ |title=存档副本 |access-date=2022-03-26 |archive-date=2022-05-17 |archive-url=https://web.archive.org/web/20220517080026/https://terms.naer.edu.tw/detail/5461049/ }}</ref>,而不必依賴[[大腸桿菌]]或[[酵母菌]]等生物體。DNA 体外扩增的实现首先基于DNA半保留复制原理,还有碱基互补配对原则,即复制的过程中双链DNA会解链,由双链变成单链,温度一般为95℃;之后温度降下来,引物会结合到DNA单链上,在DNA聚合酶的作用下,把游离的dNTP按照碱基互补配对原则结合到单链上,形成一条由旧链和新链杂合成的新的双链DNA。这个过程可概括为'''变性、黏合、延伸'''三个基本步骤
DNA 体外扩增的实现首先基于DNA半保留复制原理,还有碱基互补配对原则,即复制的过程中双链DNA会解链,由双链变成单链,温度一般为95℃;之后温度降下来,引物会结合到DNA单链上,在DNA聚合酶的作用下,把游离的dNTP按照碱基互补配对原则结合到单链上,形成一条由旧链和新链杂合成的新的双链DNA。这个过程可概括为‘变性-退火-延伸’三个基本步骤。
 
[[凱利·穆利斯]](Kary Mullis)<ref name="Bartlett & Stirling">{{Cite book|title=PCR Protocols|last1=Bartlett|first1=J. M. S.|last2=Stirling|first2=D.|year=2003|isbn=1-59259-384-4|edition=2nd|series=Methods in Molecular Biology|volume=226|pages=3–6|chapter=A Short History of the Polymerase Chain Reaction|doi=10.1385/1-59259-384-4:3}}</ref><ref name="pat_mar">Mullis, Kary B. et al. "Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences" {{US Patent|4683195}}</ref>於1983年開發此技术,當時他是Cetus公司的僱員,也是1993年[[諾貝爾化學獎]]的獲得者,它是一種簡單,廉價和可靠的方法複製DNA片段的方法 可能也是分子生物學中使用最廣泛的技術。這個概念適用於現代生物學和相關科學的許多領域<ref name="learn.genetics.utah.edu">{{cite web|title=PCR|url=http://learn.genetics.utah.edu/content/labs/pcr/|titleaccessdate=PCR2018-01-09|publisher=Genetic Science Learning Center, [[犹他大学|University of Utah]]|accessdate=2018-01-09|archive-date=2020-03-02|archive-url=https://web.archive.org/web/20200302073316/https://learn.genetics.utah.edu/content/labs/pcr/|archive-date=2020-03-02|dead-url=no}}</ref>。 PCR可能是分子生物學中使用最廣泛的技術。這種技術被用於,如生物醫學研究,犯罪取證和分子考古學<ref>{{Cite journal|last=Saiki|first=RK|date=|title=Amplification of a Short DNA Stretch by Repeated Cycles of In Vitro DNA Polymerization|url=http://people.bu.edu/jrf3/BI550/BI550_Marine_Genomics/Week2_files/BI550_2013_Protocol_PCR.pdf|last=Saiki|first=RK|journal=American Association for the Advancement of Science|volume=|pages=|via=|access-date=2018-01-09|archive-date=2017-12-15|archive-url=https://web.archive.org/web/20171215172149/http://people.bu.edu/jrf3/BI550/BI550_Marine_Genomics/Week2_files/BI550_2013_Protocol_PCR.pdf|dead-url=no}}</ref>
 
微生物複製是一個費時耗力的流程首先要將DNA經[[限制酶]]剪裁,再利用[[連接酶]](Ligase)加到[[运载体]](Vector)中,之後利用受控电脉冲瞬間電擊(Electroporation),在质膜上形成可逆性微孔的“电穿孔”(electroporation)或是利用生理极限高温刺激的“熱休克(Heat”(heat Shock)shock)的方式,送到大腸桿菌[[感受态细胞]](competent cell)中,將此菌於培養皿大量繁殖培養,再經過繁複的分離、純化過程,時間通常需要近一週,才能大量複製片段<ref>{{cite web|title=技術文章——聚合脢連鎖反應(Polymerase Chain Reaction,PCR)|url=http://www.genedragon.com.tw/article02.htm |title=存档副本 |accessdate=2016-11-25 |deadurl=yes |archiveurl=https://web.archive.org/web/20161116105717/http://www.genedragon.com.tw/article02.htm |archivedate=2016-11-16 |deadurl=yes}} 技術文章——聚合脢連鎖反應(Polymerase Chain Reaction,PCR)</ref>所以僅需一小時的PCR能節省大量時間和繁複的操作,聚合酶链式反应技術被廣泛地運用在[[醫學]]和[[生物學]]的實驗室,例如用於判斷檢體中是否會表現某[[遺傳疾病]]的圖譜、[[傳染病]]的診斷、基因[[複製]],以及[[亲子鑑定]]。
 
== 歷史 ==
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</gallery>
 
聚合酶链式反应技術是由[[凱利·穆利斯]]發明(Kary Mullis)<ref name="Bartlett & Stirling">{{Cite book|chapter=A Short History of the Polymerase Chain Reaction|title=PCR Protocols|url=http://link.springer.com/10.1385/1-59259-384-4:3|publisher=Humana Press|date=2003-08-01|location=New Jersey|isbn=978-1-59259-384-2|pages=3–6|volume=226|doi=10.1385/1-59259-384-4:3|language=en|first=John M. S.|last=Bartlett|first2=David|last2=Stirling}}</ref><ref name="pat_mar">Mullis, Kary B. et al. "Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences" {{US Patent|4683195}}</ref>因此在7年之後时为Cetus公司1993年10月僱員獲得於1983年開發此技术。这项技术使他成为1993年[[諾貝爾化學獎]]的獲得者。穆利斯的想法是,利用一種人工方法,和反覆相同程序的方法,並利用一種特殊的[[酶]]——即[[DNA聚合酶]]來扩增特定的DNA片段。
 
DNA聚合酶天然存在于生物体内,在[[细胞分裂]]前进行DNA的复制。當DNA開始複製時,[[螺旋酶|解旋酶]]將雙股的DNA分開成兩個單股。DNA聚合酶便结合在兩DNA單股鏈上,生成[[互补链]]。在穆利斯最初的聚合酶链式反应中,将DNA聚合酶用于体外试验。但是,沒有採用正常細胞常溫解旋的方法,而是把双链DNA加热到96℃,使得双链分离成为两条单链。但是在这个温度下,DNA聚合酶被破坏,因此在每个循环的加热步骤后必须补充新的聚合酶。穆利斯的原始聚合酶链式反应效率极低,需要大量时间和DNA聚合酶,并且在整个聚合酶链式反应中都需要人来照看。
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== 操作過程 ==
聚合酶链式反应用于扩增一小段已知的DNA片段,可能是单个基因,或者仅仅是某个基因的一部分。与活体生物不同的是,PCR只能复制很短的DNA片段,通常不超过10kbp。DNA是双链分子,因此用互补DNA双链的构造单位([[核苷酸]])来度量其大小,单位为[[碱基对]](base pair, bp)。某些特定的方法可以扩增40kbp左右的片,但是这种大小与[[真核细胞]]的[[染色体]]DNA相比仍然是很少的。例如,人的体细胞DNA含有大约30亿个碱基对。目前应用的聚合酶链式反应需要几个基本组成:
目前应用的聚合酶链式反应需要几个基本组成:
* DNA模板(template),含有需要扩增的DNA片段。
* 2种[[引物]](primer),决定了需要扩增的起始和终止位置。(见下面引物一节)
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选择引物的长度和[[熔点]](T<sub>m</sub>)要考虑许多条件。引物的熔点与聚合酶链式反应第一步中DNA的熔点不同,是指50%的引物与模板结合的温度,高于这个温度的引物与模板就不能有效结合。这个温度随着引物长度的增加而升高。如果引物长度太短,就有可能与DNA模板的几个位置结合,造成非特异性复制。另一方面,引物长度也受限于T<sub>m</sub>。如果T<sub>m</sub>太高,即高于80℃,也会导致问题,因为DNA聚合酶在此温度下活性较低。引物最优长度通常为20到40个碱基,熔点从60℃到75℃。
 
有时也用到[[简并引物]],是一些相似但不相同的引物的混合物。通常用于从不同的生物DNA中扩增相同的基因,因为这些基因通常都是近似但不相同的。应用兼并引物的另一种情况是根据[[蛋白质]]序列设计引物时,由于几个不同的[[密码子]]都能编码一个[[氨基酸]],通常难以判断在DNA中究竟是哪个密码子编码的这个氨基酸。例如编码[[异亮氨酸]]的引物可能使用"ATH",A是[[腺嘌呤]],T是[[胸腺嘧啶]],H可能是腺嘌呤,胸腺嘧啶或者[[胞嘧啶]](关于碱基如何编码蛋白质,可查看[[遗传密码]])。使用简并引物在很大程度上降低了聚合酶链式反应扩增等特异性,这个问题可以使用[[递减PCR]](touchdown PCR)部分地解决。
 
基于上述考虑,设计引物可以采取以下原则:
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# '''變性''':利用高溫(93-98℃)使双链DNA分離。高温将连接两条DNA链的氢键打断。在第一个循环之前,通常加热长一些时间以确保模板和引物完全分离,仅以单链形式存在。该步骤时间1-2分钟,接下來機器就控制溫度進入循環階段。
# '''退火黏合''',又称'''复性'''、'''退火'''、'''降溫貼合'''、'''緩冷配對'''、'''引子黏合''':在DNA双链分离后,降低温度使得引物可以结合于单链DNA上。此阶段的温度通常低于引子熔点5℃。错误的退火黏合温度可能导致引物不与模板结合或者错误地结合。该步骤时间1-2分钟。新技術的[[融合型核酸聚合酶]]在此階段的溫度會高於熔點3~5℃,僅需時間5~10秒。
# '''延''':DNA聚合酶由降溫时结合上的引子开始沿着DNA链合成互补链。此阶段的温度依赖于DNA聚合酶。该步骤时间依赖于聚合酶以及需要合成的DNA片段长度。傳統的Taq估计合成1000bp大概需要1分钟、較新的Tbr(來自於嗜熱菌Thermus ''brockianus'')約40秒、商業公司生產的融合型聚合酶僅需約10-15秒。有修正功能的則會比較慢。
 
[[File:Polymerase chain reaction-en.svg|frame|none|聚合酶鏈鎖反應簡圖 (1) 96℃高溫下使雙股DNA打開 (2)在約68℃下讓引子與DNA配對 (3)在72℃ DNA延伸 (P=聚合酶). (4)第一循環完成,做出的兩段雙股DNA又可當作下一個循環模板,这样每次循环都使得扩增的DNA片段加倍。]]
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=== 实例 ===
===优化聚合酶链式反应===
在实践中,聚合酶链式反应可以因各种原因而失败,部分原因可能是由于其对于污染的敏感性,导致扩增错误的DNA产物。为如此,人们已经开发了一些技术和步骤来优化聚合酶链式反应的反应条件,通过将聚合酶链式反应前的混合物与潜在DNA污染物分开的实验室方案和流程解决了外源DNA的污染问题。这通常包括从用于分析的区域分出聚合酶链式反应的设定区域或者说聚合酶链式反应产物的纯化)、一次性塑料制品的使用及对反应装置之间的工作台面彻底清洁。引物的设计技术在改善聚合酶链式反应产物产率和避免杂产物的形成是很重要的。替代缓冲成分和聚合酶的使用有助于较长或存在其他问题的DNA区域的扩增。在缓冲体系中加入试剂,如[[甲酰胺]],或会增加聚合酶链式反应的特异性和产量。此外,可以利用计算机模拟理论聚合酶链式反应结果(电子聚合酶链式反应),以协助引物设计。
 
=== 最新进展 ===
 
== PCR及其延伸技術 ==
* [[遞減聚合酶鏈式反應|遞減PCR]](touchdown PCR):前幾循環溫度逐漸下降。
* [[逆轉錄聚合酶鏈式反應|逆轉錄PCR]](RT-PCR):以由[[信使核糖核酸|mRNA]][[逆轉錄聚合酶鏈式反應|逆轉錄]]而來的cDNA爲模板,也因為是從表現型基因來進行增量的,由此產生出來的cDNA產物不帶有[[内含子|內含子]](基因中不具意義的段落),常應用於[[分子克隆]]技術。
* [[熱啟動聚合酶鏈式反應|熱啟動PCR]](hot start PCR):以高熱活化型核酸聚合酶進行反應,減少非專一性產物。
* [[即時聚合酶鏈式反應|即時PCR]](real-time PCR):PCR過程中利用螢光探針或染料定量檢測,又稱定量PCR(quantitative PCR),可以進行多組對比。
* [[巢式聚合酶链式反应|巢式PCR]](nested PCR):先用低特異性引物擴增幾個循環以增加模板數量,再用高特異性引物擴增。
* [[多重聚合酶鏈式反應|多重PCR]](multiplex PCR):在同一個管中使用多組引物。
* [[復原條件PCR]](reconditioning PCR):PCR產物稀釋10倍後重新放入原濃度的引物和dNTP等循環3次,以消除產物中的異二聚體。
* [[dsRNA合成]](dsRNA replicator):合併使用high-fidelity DNA polymersae、[[T7RNAT7 RNA聚合酶]]與Phi6 RNA replicase;從雙股DNA轉錄為對應的雙股RNA(dsRNA)。可應用於[[RNA干扰|RNAi]]實驗操作。
* [http://en.wikipedia.org/wiki/COLD-PCR{{Internal COLD-PCR]link {{Wayback|url=http:/helper/en.wikipedia.org/wiki/|低温变性共扩增聚合酶链式反应|COLD-PCR |date=20140616175848 低温变性共扩增PCR}}((COLD-PCR, '''co'''-amplification at '''l'''ower '''d'''enaturation temperature-PCR)PCR):用以檢測突變或特殊等位基因的PCR應用技術。
* [http://en.wikipedia.org/wiki/Digital_polymerase_chain_reaction Digital-[数字聚合酶链式反应|数字PCR]](Digital-PCR, {{Wayback|url=http://en.wikipedia.org/wiki/Digital_polymerase_chain_reactiondigital |date=20121026052256polymerase chain }}:reaction):將標準的PCR反應分割至每一個反應中僅1~2個copy。藉以偵測微小比例的基因差異。應用於:癌症突變基因、病原體檢測、藉由母血對胎兒做產前檢測。
*一般 PCR 的原理是,靠著探針偵測設定的遺傳目標序列,接著經歷升溫、降溫的循環,將目標不斷複製放大,直到能夠判斷訊號。判斷陽性的標準,英文稱作「cycle threshold (CT) value」,即是 CT值。例如,若循環 35 次後能識別目標存在,CT值便是 35。
 
通常樣本內的病毒含量愈高,複製愈少次,便足以判斷陽性。舉例來說,原始量多只需 20 次,便能放大到超過足夠的量;原始量低需要到 35 次,才能放大到有存在感。(或是可以想像成自己的存款,要翻倍幾次才會超過 1 億元;存款愈多的話,需要翻倍愈少次。)[<ref>{{Cite web|title=CT值|url=https://pansci.asia/archives/tag/ct%e5%80%bc|access-date=2021-10-20|work=PanSci 泛科學|language=zh-TW|archive-date=2021-04-22|archive-url=https://web.archive.org/web/20210422204538/https://pansci.asia/archives/tag/ct%E5%80%BC]}}</ref>
 
== 應用 ==
* 基因圖譜建立
* [[亲子鉴定|親子鑑定]]
* 偵測[[遺傳性疾病|遺傳疾病]]
* 複製特定基因
* [[突变|基因突變]]研究
* DNA遺傳演化
* [[基因表現]]比較
 
=== 鉴定基因 ===
人体内的细胞共有约为30亿个碱基对的DNA,每个人的DNA会有差异,具有差异的碱基对数目达几百万之多,因此通过分子生物学方法显示的DNA图谱也因人而异,由此可以识别不同的人。所谓“DNA指纹”,就是把DNA作为像指纹那样的独特特征来识别不同的人。由于DNA是遗传物质,因此通过对DNA鉴定还可以判断两个人之间的亲缘关系。
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=== 複製特定基因 ===
基因工程中目的基因常用PCR技术扩增,再导入载体内,以增加导入成功的概率。
 
=== 诱变 ===
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=== 比较基因表达量 ===
 
* ===基因圖譜建立===
 
* ===偵測[[遺傳性疾病|遺傳疾病]]===
 
*=== [[突变|基因突變]]研究===
 
* ===DNA遺傳演化===
 
* ===[[基因表現]]比較===
 
== 参考资料 ==