As primeiras escolas do Mississippi foram fundadas durante o início do século XIX. A nova Constituição estadual de 1869 instituiu um sistema de escolas públicas, um conselho de educação, e tornou obrigatória a educação das crianças, por pelo menos quatro meses do ano. A instituição de um sistema de escolas públicas - administradas por distritos escolares causou a criação de impostos, que fizeram com que a maioria da população do Mississippi inicialmente se opusesse à nova medida - uma vez que o estado passava por uma grande recessão econômica e enfrentava a destruição causada pela Guerra Civil Americana, que havia terminado quatro anos antes, em 1865. Porém, na medida em que as condições econômicas melhoraram, o sistema de escolas públicas do estado passou a receber maior aprovação da população. Durante o início do século XX, o estado fundiu diversos distritos escolares rurais entre si, em uma tentativa de diminuir as dificuldades financeiras de tais distritos, que possuíam poucos recursos.
Atualmente, todas as instituições educacionais no Mississippi precisam seguir regras e padrões ditadas pelo Conselho Estadual de Educação. Este conselho controla diretamente o sistema de escolas públicas do estado, que está dividido em diferentes distritos escolares. O conselho é composto por nove membros - cinco escolhidos pelo governador, dois pelo tenente-governador e dois pelo legislativo do estado - para mandatos de até quatro anos de duração. Estes nove membros indicam um nono membro, que atuará como super-intendente de educação. Cada cidade primária (city), diversas cidades secundárias (towns) e cada condado, é servida por um distrito escolar. Nas cidades, a responsabilidade de administração do sistema escolar público são dos distritos municipais, enquanto que em regiões menos densamente habitadas, esta responsabilidade é dos distritos escolares operando em todo o condado em geral. O Mississippi permite a operação de escolas charter - escolas públicas independentes, que não são administradas por distritos escolares, mas que dependem de verbas públicas para operarem. Atendimento escolar é compulsório para todas as crianças e adolescentes com mais de seis anos de idade, até a conclusão do segundo grau ou até os dezesseis anos de idade.
Em 1999, as escolas públicas do Mississippi atenderam cerca de 500,7 mil estudantes, empregando aproximadamente 30,7 mil professores. Escolas privadas atenderam cerca de 51,4 mil estudantes, empregando aproximadamente 3,9 mil professores. O sistema de escolas públicas consumiu cerca de 2,293 bilhões de dólares, e o gasto das escolas públicas foi de aproximadamente 4,9 mil dólares por estudante. Cerca de 81,2% dos habitantes com mais de 25 anos de idade possuem um diploma de segundo grau.
A primeira biblioteca pública do Mississippi foi fundada em Port Gibson, em 1818. A mais antiga ainda em operação é a biblioteca estadual, em Jackson, fundada em 1838. Atualmente, o Mississippi possui cerca de 230 bibliotecas públicas, administradas por 49 sistemas de bibliotecas públicas diferentes.
A primeira instituição de educação superior do Mississippi, a Faculdade Jefferson, foi fundada em 1811. A instituição de educação superior mais antiga ainda em operação é a Faculdade Mississippi, fundada em Clinton, em 1826, com o nome de Faculdade Hampstead. A Universidade do Mississippi é a instituição pública de educação superior mais antiga do estado, tendo sido fundada em 1846. O Mississippi não possui um sistema público de educação superior, embora administre diversas faculdades e universidades espalhadas pelo estado: são 41 instituições de educação superior, dos quais 26 são públicas e 15 são privadas.