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O nome Ornithocheiroidea foi originalmente definido como um táxon baseado em apomorfia por Christopher Bennett em 1994. Foi dada uma definição baseada em relacionamento em 2003 por Alexander Kellner, que o definiu como o clado menos inclusivo contendo Anhanguera blittersdorffi, Pteranodon longiceps, Dsungaripterus weii, e Quetzalcoatlus northropi.[2] Mais tarde naquele ano, David Unwin sugeriu uma definição mais restritiva, na qual o clado contém apenas Pteranodon longiceps, Istiodactylus latidens e seus descendentes.[3] Brian Andres (2008, 2010, 2014) em suas análises, definiu Ornithocheiroidea usando a definição de Kellner (2003) para evitar confusão com grupos definidos de forma semelhante, como Pteranodontoidea.[4][5]
Abaixo está um cladograma mostrando os resultados de uma análise filogenética apresentada por Longrich e colegas em 2018. Eles descobriram que Ornithocheiroidea consiste nos clados Pteranodontoidea e Azhdarchoidea, bem como no gênero Piksi.[6]
↑Unwin, David M.; Heinrich, Wolf-Dieter (1999). «On a pterosaur jaw from the Upper Jurassic of Tendaguru (Tanzania)». Mitteilungen aus dem Museum für Naturkunde in Berlin, Geowissenschaftliche Reihe. 2: 121–134
↑Kellner, A. W. A., (2003): Pterosaur phylogeny and comments on the evolutionary history of the group. pp. 105-137. — in Buffetaut, E. & Mazin, J.-M., (eds.): Evolution and Palaeobiology of Pterosaurs. Geological Society of London, Special Publications 217, London, 1-347
↑Unwin, D. M., (2003): On the phylogeny and evolutionary history of pterosaurs. pp. 139-190. — in Buffetaut, E. & Mazin, J.-M., (eds.): Evolution and Palaeobiology of Pterosaurs. Geological Society of London, Special Publications 217, London, 1-347 doi:10.1144/GSL.SP.2003.217.01.11
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