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David Baker: diferenças entre revisões

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Os programas de [[inteligência artificial]] desenvolvidos por Baker e outros resolveram agora em grande parte o problema da previsão da estrutura das proteínas.<ref>{{Cite web |date=16 de dezembro de 2021 |title=Protein structures for all |url=https://www.science.org/content/article/breakthrough-2021 |website=Science |publisher=American Association for the Advancement of Science |access-date=30 de setembro de 2024 |language=en}}</ref><ref>{{Cite web |date=26 de junho de 2024 |title=How AI Revolutionized Protein Science, but Didn’t End It |url=https://www.quantamagazine.org/how-ai-revolutionized-protein-science-but-didnt-end-it-20240626/ |website=Quanta Magazine |publisher=Simons Foundation |language=en |access-date=30 de setembro de 2024}}</ref> Baker é membro da [[Academia Nacional de Ciências dos Estados Unidos]] e diretor do Instituto de Design de Proteínas da Universidade de Washington.<ref>{{Cite web|url=http://www.ipd.uw.edu/2012/04/uw-to-establish-institute-for-protein-design/|title=UW to Establish Institute for Protein Design |publisher=University of Washington |language=en-US|access-date=14 de janeiro de 2019}}</ref> Baker foi cofundador de mais de uma dúzia de empresas de biotecnologia e foi incluído na lista inaugural da revista ''[[Time (revista)|Time]]'' das 100 pessoas mais influentes na saúde em 2024.<ref>{{Cite web |date=2 de maio de 2024 |last=Henshall |first=Will |title=David Baker |url=https://time.com/6969322/david-baker |website=Time |publisher=Time Magazine |language=en |access-date=30 de setembro de 2024}}</ref>


== Pesquisa ==
{{Referências}}
Embora seja conhecido principalmente pelo desenvolvimento de [[Biologia computacional|métodos computacionais]] para prever e projetar as [[Estrutura da proteína|estruturas]] e [[Função de proteína|funções]] de proteínas, Baker mantém um grupo ativo de bioquímica experimental.<ref name="CEN3">{{cite journal |title=Protein wrangler, serial entrepreneur, and community builder |journal=Chemical & Engineering News |issue=30 |volume=97 |last1=Howes |first1=Laura}}</ref> Ele é autor de mais de 600 artigos científicos.<ref>{{Citar web|url=https://scholar.google.com/citations?user=UKqIqRsAAAAJ|titulo=David Baker|acessodata=2024-10-10|website=scholar.google.com}}</ref>

O grupo de Baker desenvolveu o algoritmo Rosetta para a previsão ''ab initio'' de [[Estrutura da proteína|estrutura de proteína]], que foi expandido para uma ferramenta de design de proteínas, um projeto de [[computação distribuída]] chamado [[Rosetta@home|Rosetta@Home]],<ref name="CEN3" /><ref name="Castillo">{{cite book|url=https://books.google.com/books?id=7W9GDwAAQBAJ&pg=PA455|title=Fuzzy Logic Augmentation of Neural and Optimization Algorithms: Theoretical Aspects and Real Applications|date=2018|publisher=Springer|isbn=9783319710075|access-date=2 de agosto de 2018|archive-url=https://web.archive.org/web/20241009104428/https://books.google.com/books?id=7W9GDwAAQBAJ&pg=PA455#v=onepage&q&f=false|archive-date=9 de outubro de 2024|editor1-last=Castillo|editor1-first=Oscar|editor2-last=Melin|editor2-first=Patricia|editor3-last=Kacprzyk|editor3-first=Janusz|page=455|url-status=live}}</ref><ref name="Bonneau">{{cite journal |title=Contact order and ab initio protein structure prediction |date=agosto de 2002 |journal=Protein Science |issue=8 |last2=Ruczinski |first2=Ingo |pages=1937–1944 |doi=10.1110/ps.3790102 |pmc=2373674 |pmid=12142448 |last3=Tsai |first3=Jerry |last4=Baker |first4=David |volume=11 |last1=Bonneau |first1=Richard}}</ref> e o jogo de computador [[Foldit]].<ref>{{Cite journal |title=Citizen science: People power |journal=Nature |issue=7307 |year=2010 |pages=685–687 |doi=10.1038/466685a |pmid=20686547 |volume=466 |doi-access=free |last1=Hand |first1=E.}}</ref><ref>{{Cite journal |title=Predicting protein structures with a multiplayer online game |journal=Nature |issue=7307 |last2=Khatib |first2=F. |year=2010 |pages=756–760 |bibcode=2010Natur.466..756C |doi=10.1038/nature09304 |pmc=2956414 |pmid=20686574 |last3=Treuille |first3=A. |last4=Barbero |first4=J. |last5=Lee |first5=J. |last6=Beenen |first6=M. |last7=Leaver-Fay |first7=A. |last8=Baker |first8=D. |last9=Popović |first9=Z. |volume=466 |last1=Cooper |first1=S. |last10=Players |first10=F.}}</ref><ref>{{cite web|last=Marshall|first=Jessica|url=https://www.nature.com/articles/nature.2012.9872|title=Victory for crowdsourced biomolecule design|date=22 de janeiro de 2012|access-date=30 de setembro de 2024|publisher=Nature Publishing Group|archive-url=https://web.archive.org/web/20240204171223/https://www.nature.com/articles/nature.2012.9872|archive-date=4 de fevereiro de 2024|url-status=live}}</ref> Baker foi diretor do Rosetta Commons, um consórcio de laboratórios e pesquisadores que desenvolvem software para previsão e design de estruturas biomoleculares. O grupo de Baker participa regularmente da competição de previsão de estrutura [[CASP]], especializando-se em métodos ''ab initio'', incluindo variantes manuais e automatizadas do protocolo Rosetta.<ref>{{Cite journal |title=Improved molecular replacement by density- and energy-guided protein structure optimization |journal=Nature |issue=7348 |last2=Terwilliger |first2=T. C. |year=2011 |pages=540–3 |bibcode=2011Natur.473..540D |doi=10.1038/nature09964 |pmc=3365536 |pmid=21532589 |last3=Read |first3=R. J. |author-link3=Randy Read |last4=Wlodawer |first4=A. |last5=Oberdorfer |first5=G. |last6=Wagner |first6=U. |last7=Valkov |first7=E. |last8=Alon |first8=A. |last9=Fass |first9=D. |volume=473 |last1=Dimaio |first1=F. |last10=Axelrod |first10=H. L. |last11=Das |first11=D. |last12=Vorobiev |first12=S. M. |last13=Iwaï |first13=H. |last14=Pokkuluri |first14=P. R. |last15=Baker |first15=D. |author-link15=David Baker (biochemist)}}</ref><ref>{{Cite journal |title=High-resolution structure prediction and the crystallographic phase problem |journal=Nature |issue=7167 |last2=Raman |first2=S. |year=2007 |pages=259–64 |bibcode=2007Natur.450..259Q |doi=10.1038/nature06249 |pmc=2504711 |pmid=17934447 |last3=Das |first3=R. |last4=Bradley |first4=P. |last5=McCoy |first5=A. J. |last6=Read |first6=R. J. |last7=Baker |first7=D. |volume=450 |last1=Qian |first1=B. |author-link6=Randy Read |author-link7=David Baker (biochemist)}}</ref>

O grupo de Baker também é ativo no campo de [[design de proteínas]];<ref name="CEN3" /><ref name="Zimmer">{{cite news|url=https://www.nytimes.com/2017/12/26/science/protein-design-david-baker.html|title=Scientists Are Designing Artisanal Proteins for Your Body|date=26 de dezembro de 2017|access-date=2 de agosto de 2018|work=The New York Times|archive-url=https://web.archive.org/web/20180802042637/https://www.nytimes.com/2017/12/26/science/protein-design-david-baker.html|archive-date=2 de agosto de 2018|url-status=live|last1=Zimmer|first1=Carl}}</ref> eles são conhecidos por projetar a Top7, a primeira proteína artificial com uma nova dobra.<ref name="Kuhlman">{{cite journal |title=Design of a Novel Globular Protein Fold with Atomic-Level Accuracy |date=21 de novembro de 2003 |journal=Science |issue=5649 |last2=Dantas |first2=Gautam |pages=1364–1368 |bibcode=2003Sci...302.1364K |doi=10.1126/science.1089427 |pmid=14631033 |last3=Ireton |first3=Gregory C. |last4=Varani |first4=Gabriele |last5=Stoddard |first5=Barry L. |last6=Baker |first6=David |volume=302 |last1=Kuhlman |first1=Brian |s2cid=1939390}}</ref>

Em 2017, o Instituto de Design de Proteínas de Baker recebeu mais de 11 milhões de dólares da [[Open Philanthropy]],<ref>{{Cite web|url=https://www.ipd.uw.edu/2018/04/open-philanthropy-project-awards-11-3-million-to-institute-for-protein-design-at-uw-medicine-to-unlock-the-secrets-of-proteins-and-seek-a-universal-flu-vaccine/|title=Open Philanthropy awards $11.3 million to the Institute for Protein Design|date=4 de abril de 2018|access-date=9 de outubro de 2024|website=Institute for Protein Design|language=en-US}}</ref><ref>{{Cite web|url=https://www.openphilanthropy.org/grants/university-of-washington-universal-flu-vaccine-and-computational-protein-design-david-baker-and-neil-king/|title=University of Washington — Universal Flu Vaccine and Computational Protein Design (David Baker and Neil King)|date=novembro de 2017|access-date=9 de outubro de 2024|website=Open Philanthropy|language=en-us}}</ref> seguido por uma doação adicional de 3 milhões de dólares em 2021.<ref>{{Cite web|url=https://www.openphilanthropy.org/grants/university-of-washington-protein-design-research-david-baker/|title=University of Washington — Protein Design Research (David Baker)|access-date=9 de outubro de 2024|website=Open Philanthropy|language=en-us}}</ref>

Baker cofundou várias empresas de biotecnologia, incluindo a Prospect Genomics, que foi adquirida por uma subsidiária da Eli Lilly em 2001, Icosavax, que foi adquirida pela AstraZeneca em 2023, Sana Biotechnology, Lyell Immunotherapeutics e Xaira Therapeutics.<ref>{{Cite web|last=Hamilton|first=David|url=https://www.wsj.com/articles/SB986444555360543476|title=Structural GenomiX to Acquire Research Firm Prospect Genomics|date=2001|access-date=15 de setembro de 2024|archive-url=https://web.archive.org/web/20241009104353/https://www.wsj.com/articles/SB986444555360543476|archive-date=9 de outubro de 2024|url-status=live}}</ref><ref>{{cite web|last=Soper|first=Taylor|url=https://www.geekwire.com/2023/astrazeneca-will-pay-up-to-1-1b-to-acquire-icosavax-a-univ-of-washington-biotech-spinout/|title=AstraZeneca will pay up to $1.1B to acquire Icosavax, a Univ. of Washington biotech spinout|date=12 de dezembro de 2023|access-date=1 de outubro de 2024|website=GeekWire|archive-url=https://web.archive.org/web/20240715134503/https://www.geekwire.com/2023/astrazeneca-will-pay-up-to-1-1b-to-acquire-icosavax-a-univ-of-washington-biotech-spinout/|archive-date=15 de julho de 2024|url-status=live}}</ref>{{Referências}}

== Ligações externas ==
{{Scholia}}

* [http://www.ibiology.org/ibiomagazine/david-baker-crowd-sourcing-science.html David Baker online talk: "Crowd Sourcing Protein Folding: Rosetta@Home and FoldIt"] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20170702062821/https://www.ibiology.org/ibiomagazine/david-baker-crowd-sourcing-science.html|date=July 2, 2017}}
* [http://www.ibiology.org/ibioseminars/biophysics-chemical-biology/david-baker-part-1.html David Baker online seminar: "Introduction to Protein Design"] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20160401072239/http://www.ibiology.org/ibioseminars/biophysics-chemical-biology/david-baker-part-1.html|date=April 1, 2016}}
* [http://www.ibiology.org/ibioseminars/david-baker-part-2.html David Baker online seminar: "Design of New Protein Functions"] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20160401072258/http://www.ibiology.org/ibioseminars/david-baker-part-2.html|date=April 1, 2016}}
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Edição atual tal como às 00h12min de 13 de outubro de 2024

David Baker Medalha Nobel
David Baker
Nascimento 6 de outubro de 1962
Seattle
Cidadania Estados Unidos
Cônjuge Hannele Ruohola-Baker
Alma mater
Ocupação bioinformata, bioquímico, professor universitário, acadêmico, computational biologist, biochemistry teacher
Distinções
Empregador(a) Universidade de Washington, University of Washington School of Medicine
Página oficial
https://sites.uw.edu/biochemistry/faculty/david-baker/, https://www.bakerlab.org/

David Baker (Seattle, 6 de outubro de 1962)[1] é um bioquímico estadunidense, biólogo computacional e vencedor do Nobel que foi pioneiro em métodos para projetar proteínas e prever suas estruturas tridimensionais. Ele é professor dotado de Bioquímica Henrietta e Aubrey Davis, investigador do Instituto Médico Howard Hughes e professor adjunto de ciências do genoma, bioengenharia, engenharia química, ciência da computação e física na Universidade de Washington. Ele foi laureado com o Prêmio Nobel de Química de 2024 "pelo design computacional de proteínas".[2]

Os programas de inteligência artificial desenvolvidos por Baker e outros resolveram agora em grande parte o problema da previsão da estrutura das proteínas.[3][4] Baker é membro da Academia Nacional de Ciências dos Estados Unidos e diretor do Instituto de Design de Proteínas da Universidade de Washington.[5] Baker foi cofundador de mais de uma dúzia de empresas de biotecnologia e foi incluído na lista inaugural da revista Time das 100 pessoas mais influentes na saúde em 2024.[6]

Pesquisa

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Embora seja conhecido principalmente pelo desenvolvimento de métodos computacionais para prever e projetar as estruturas e funções de proteínas, Baker mantém um grupo ativo de bioquímica experimental.[7] Ele é autor de mais de 600 artigos científicos.[8]

O grupo de Baker desenvolveu o algoritmo Rosetta para a previsão ab initio de estrutura de proteína, que foi expandido para uma ferramenta de design de proteínas, um projeto de computação distribuída chamado Rosetta@Home,[7][9][10] e o jogo de computador Foldit.[11][12][13] Baker foi diretor do Rosetta Commons, um consórcio de laboratórios e pesquisadores que desenvolvem software para previsão e design de estruturas biomoleculares. O grupo de Baker participa regularmente da competição de previsão de estrutura CASP, especializando-se em métodos ab initio, incluindo variantes manuais e automatizadas do protocolo Rosetta.[14][15]

O grupo de Baker também é ativo no campo de design de proteínas;[7][16] eles são conhecidos por projetar a Top7, a primeira proteína artificial com uma nova dobra.[17]

Em 2017, o Instituto de Design de Proteínas de Baker recebeu mais de 11 milhões de dólares da Open Philanthropy,[18][19] seguido por uma doação adicional de 3 milhões de dólares em 2021.[20]

Baker cofundou várias empresas de biotecnologia, incluindo a Prospect Genomics, que foi adquirida por uma subsidiária da Eli Lilly em 2001, Icosavax, que foi adquirida pela AstraZeneca em 2023, Sana Biotechnology, Lyell Immunotherapeutics e Xaira Therapeutics.[21][22]

Referências

  1. ↑ Howes, Laura. «Protein wrangler, serial entrepreneur, and community builder». Chemical & Engineering News. 97 (30) 
  2. ↑ «The Nobel Prize in Chemistry 2024». The Nobel Prize. 9 de outubro de 2024. Consultado em 9 de outubro de 2024 
  3. ↑ «Protein structures for all». Science (em inglês). American Association for the Advancement of Science. 16 de dezembro de 2021. Consultado em 30 de setembro de 2024 
  4. ↑ «How AI Revolutionized Protein Science, but Didn't End It». Quanta Magazine (em inglês). Simons Foundation. 26 de junho de 2024. Consultado em 30 de setembro de 2024 
  5. ↑ «UW to Establish Institute for Protein Design» (em inglês). University of Washington. Consultado em 14 de janeiro de 2019 
  6. ↑ Henshall, Will (2 de maio de 2024). «David Baker». Time (em inglês). Time Magazine. Consultado em 30 de setembro de 2024 
  7. ↑ a b c Howes, Laura. «Protein wrangler, serial entrepreneur, and community builder». Chemical & Engineering News. 97 (30) 
  8. ↑ «David Baker». scholar.google.com. Consultado em 10 de outubro de 2024 
  9. ↑ Castillo, Oscar; Melin, Patricia; Kacprzyk, Janusz, eds. (2018). Fuzzy Logic Augmentation of Neural and Optimization Algorithms: Theoretical Aspects and Real Applications. [S.l.]: Springer. p. 455. ISBN 9783319710075. Consultado em 2 de agosto de 2018. Cópia arquivada em 9 de outubro de 2024 
  10. ↑ Bonneau, Richard; Ruczinski, Ingo; Tsai, Jerry; Baker, David (agosto de 2002). «Contact order and ab initio protein structure prediction». Protein Science. 11 (8): 1937–1944. PMC 2373674Acessível livremente. PMID 12142448. doi:10.1110/ps.3790102 
  11. ↑ Hand, E. (2010). «Citizen science: People power». Nature. 466 (7307): 685–687. PMID 20686547. doi:10.1038/466685aAcessível livremente 
  12. ↑ Cooper, S.; Khatib, F.; Treuille, A.; Barbero, J.; Lee, J.; Beenen, M.; Leaver-Fay, A.; Baker, D.; Popović, Z.; Players, F. (2010). «Predicting protein structures with a multiplayer online game». Nature. 466 (7307): 756–760. Bibcode:2010Natur.466..756C. PMC 2956414Acessível livremente. PMID 20686574. doi:10.1038/nature09304 
  13. ↑ Marshall, Jessica (22 de janeiro de 2012). «Victory for crowdsourced biomolecule design». Nature Publishing Group. Consultado em 30 de setembro de 2024. Cópia arquivada em 4 de fevereiro de 2024 
  14. ↑ Dimaio, F.; Terwilliger, T. C.; Read, R. J.; Wlodawer, A.; Oberdorfer, G.; Wagner, U.; Valkov, E.; Alon, A.; Fass, D.; Axelrod, H. L.; Das, D.; Vorobiev, S. M.; Iwaï, H.; Pokkuluri, P. R.; Baker, D. (2011). «Improved molecular replacement by density- and energy-guided protein structure optimization». Nature. 473 (7348): 540–3. Bibcode:2011Natur.473..540D. PMC 3365536Acessível livremente. PMID 21532589. doi:10.1038/nature09964 
  15. ↑ Qian, B.; Raman, S.; Das, R.; Bradley, P.; McCoy, A. J.; Read, R. J.; Baker, D. (2007). «High-resolution structure prediction and the crystallographic phase problem». Nature. 450 (7167): 259–64. Bibcode:2007Natur.450..259Q. PMC 2504711Acessível livremente. PMID 17934447. doi:10.1038/nature06249 
  16. ↑ Zimmer, Carl (26 de dezembro de 2017). «Scientists Are Designing Artisanal Proteins for Your Body». The New York Times. Consultado em 2 de agosto de 2018. Cópia arquivada em 2 de agosto de 2018 
  17. ↑ Kuhlman, Brian; Dantas, Gautam; Ireton, Gregory C.; Varani, Gabriele; Stoddard, Barry L.; Baker, David (21 de novembro de 2003). «Design of a Novel Globular Protein Fold with Atomic-Level Accuracy». Science. 302 (5649): 1364–1368. Bibcode:2003Sci...302.1364K. PMID 14631033. doi:10.1126/science.1089427 
  18. ↑ «Open Philanthropy awards $11.3 million to the Institute for Protein Design». Institute for Protein Design (em inglês). 4 de abril de 2018. Consultado em 9 de outubro de 2024 
  19. ↑ «University of Washington — Universal Flu Vaccine and Computational Protein Design (David Baker and Neil King)». Open Philanthropy (em inglês). Novembro de 2017. Consultado em 9 de outubro de 2024 
  20. ↑ «University of Washington — Protein Design Research (David Baker)». Open Philanthropy (em inglês). Consultado em 9 de outubro de 2024 
  21. ↑ Hamilton, David (2001). «Structural GenomiX to Acquire Research Firm Prospect Genomics». Consultado em 15 de setembro de 2024. Cópia arquivada em 9 de outubro de 2024 
  22. ↑ Soper, Taylor (12 de dezembro de 2023). «AstraZeneca will pay up to $1.1B to acquire Icosavax, a Univ. of Washington biotech spinout». GeekWire. Consultado em 1 de outubro de 2024. Cópia arquivada em 15 de julho de 2024 

Ligações externas

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