Boukhari voetbalde als amateur bij de Rotterdamse clubs Neptunus en RVV HOV. In 1999 werd hij profvoetballer en stond achtereenvolgens onder contract bij Sparta Rotterdam, Ajax en FC Nantes. Hij kwam daarnaast op huurbasis uit voor NAC Breda en AZ. Toen AZ van een optie om Boukhari in de zomer van 2007 van Nantes over te nemen, geen gebruik maakte, werd hij naar zijn oude club Sparta teruggehaald door technisch directeur Danny Blind, onder wiens leiding hij ook al bij Ajax had gespeeld.
Na een jaar Sparta werd Boukhari gekocht door de Saoedi-Arabische club Al-Ittihad. Al-Ittihad wilde echter snel terugkomen op dit besluit, omdat men doorhad dat ze een buitenlander te veel onder contract hadden staan. Zes maanden en een FIFA-rechtszaak later tekende Boukhari in de winterstop een contract bij NAC tot het einde van seizoen 2008/09.
Ondanks dat NAC graag gebruik wilde blijven maken van Boukhari, ontbeerde de club de nodige financiële middelen en koos Boukhari voor een avontuur in Turkije, namelijk bij Kasımpaşa. Daar tekende hij een contract tot medio 2012, maar al snel werd Boukhari voor het seizoen 2010/11 verhuurd aan Wisła Kraków. Zijn contract bij Kasimpaşa liep tot januari 2012. Op 31 januari 2012 sloot hij op amateurbasis aan bij NAC Breda. Op de transfer deadline-dag voorafgaand aan het seizoen 2012/13 ging Boukhari naar RKC Waalwijk, eveneens op amateurbasis. In het seizoen 2013/14 speelde hij na de winterstop bij Sparta, waarmee hij bijna naar de Eredivisie wist te promoveren. FC Dordrecht gooit echter roet in het eten. In augustus 2014 stopte hij met betaald voetbal en stapte als speler over naar de amateurs, maar bleef als trainer van de aanvalslinie betrokken bij Sparta. Sinds juli 2014 speelde Boukhari voor de Utrechtse amateurvereniging Magreb '90, dat uitkwam in de Hoofdklasse A. Met die club promoveerde hij in 2015 naar de Topklasse. Van 2015 tot 2016 kwam uit in het zaalvoetbal voor TPP-Rotterdam. Sinds de zomer van 2016 kwam hij uit voor tweedeklasser GLZ Delfshaven in Rotterdam.
Trainerscarrière
Boukhari vervulde vanaf juli 2015 diverse trainersfuncties bij Sparta, waaronder die van hoofdtrainer bij Jong Sparta (juni 2020–juli 2021). In juli 2021 werd Boukhari aangesteld als assistent-trainer van het eerste elftal van Sparta.[1]