Boukhari voetbalde als amateur bij de Rotterdamse clubs Neptunus en RVV HOV. In 1999 werd hij profvoetballer. Hij stond achtereenvolgens onder contract bij Sparta Rotterdam, Ajax en FC Nantes en kwam daarnaast op huurbasis uit voor NAC en AZ. Toen AZ van een optie om Boukhari in de zomer van 2007 van Nantes over te nemen, geen gebruik maakte, werd hij naar zijn oude club Sparta teruggehaald door technisch directeur Danny Blind, onder wiens leiding hij ook al bij Ajax had gespeeld.
Na één jaar Sparta werd Boukhari gekocht door de Saoedi-Arabische club Al-Ittihad. Al-Ittihad wilde echter snel terugkomen op dit besluit, omdat men doorhad dat ze een buitenlander te veel onder contract hadden staan. Zes maanden en een FIFA-rechtszaak later tekende Boukhari in de winterstop een contract bij NAC tot het einde van seizoen 2008/2009.
Ondanks dat NAC graag gebruik wilde blijven maken van Boukhari ontbeerde de club de nodige financiële middelen en koos Boukhari voor een avontuur in Turkije, bij Kasimpasa waar hij een contract tekende tot medio 2012. Al snel werd Boukhari voor het seizoen 2010/2011 verhuurd aan Wisła Kraków. Zijn contract bij Kasimpasa loopt tot 2012. Op 31 januari2012 sloot hij op amateurbasis aan bij NAC Breda. Op de transfer deadline dag voorafgaand aan het seizoen 2012/2013 ging Boukhari naar RKC Waalwijk, eveneens op amateurbasis. In het seizoen 2013-2014 speelt hij na de winterstop bij Sparta. daar weet hij bijna met Sparta te promoveren, FC Dordrecht gooit echter roet in het eten. In augustus 2014 stopt hij met betaald voetbal, en stapt als speler over naar de amateurs. Hij blijft als trainer van de aanvalslinie betrokken bij Sparta. Sinds juli 2014 speelt Boukhari voor amateurvereniging Magreb '90, dat in de Hoofdklasse A speelde. Met die club promoveerde hij in 2015 naar de Topklasse. Ook komt hij sinds begin 2015 uit in het zaalvoetbal voor TPP-Rotterdam. Sinds de zomer van 2016 komt hij uit voor tweedeklasser GLZ Delfshaven in Rotterdam.
Rotterdam, Nederland
Ajax
Wisła Kraków