De club werd in 1940 opgericht na de fusie van drie teams uit de stad: San Fernando FC, Atlético San Fernando en CD Arsenal. Vanaf 1946 speelde de club in de derde klasse. Na promotie in 1954 speelde de club tien seizoenen op rij in de tweede klasse. Hierna speelde de club op een aantal seizoenen na voornamelijk in de Tercera División, die vanaf 1977 nog maar de vierde klasse was. Nadat de club in 2008 daar kampioen werd en promoveerde naar de Segunda División B. De club ging in 2009 failliet met een schuld van 2 miljoen euro. Opvolger San Fernando CD werd datzelfde jaar opgericht.
