Il Futebol Clube de Vizela è stato fondato il 1º gennaio 1939, ma solo il 16 giugno dello stesso anno fu eletta la dirigenza. I primi presidenti del club furono Armando Camelo, João Sousa e Costa Madureira. Sebbene il Futebol Clube de Vizela in origine era una delle tante filiali del Porto, finì per unirsi all'Associação de Futebol de Braga il 1º agosto 1940; in quell'anno, ricco di soddisfazioni per il club, finirà anche per vincere il suo primo titolo, il campionato di seconda divisione. Tra il 1972 e il 1989 Carlos Alfredo Santos è parte integrante del consiglio di amministrazione del Futebol Clube de Vizela partecipando al periodo d'oro della storia del club durante il quale è stato promosso nella massima serie portoghese.
Il periodo più vittorioso del club è sicuramente tra il 1966 e il 1967 e dal 1984 al 1985: durante questi anni il Futebol Clube Vizela ha raggiunto i suoi due più grandi successi. La prima è la vittoria della Taça de Campeão Nacional dopo aver battuto il Tramagal, ad Aveiro, per 5-3. In precedenza, in semifinale, aveva eliminato il Boavista per 3-1, in quella che potrebbe essere stata la partita più emozionante e vincente nella storia del Vizela. Nella stagione 1984-1985 ha militato nella massima serie portoghese, conclusa con l'immediata retrocessione, anche a causa di problemi finanziari del club.
Con il successo per 5-2 sulla Vilafranquense, il Vizela ha chiuso il campionato al secondo posto, facendo così ritorno in massima serie per la stagione 2021-2022.