Blu a su prendre son envol à Rio de Janeiro, accompagné de Perla, leurs trois enfants et leurs amis. Lors de leur expédition dans la forêt d'[[Amazonie]], Linda et Tulio découvrent que l'espèce dedu l'ara bleu n'est pas totalement éteinte. Blu, sa famille et ses amis partent alors en Amazonie, à la recherche de leurs semblables. À leur arrivée, ils se font kidnapper par de mystérieux oiseaux. Il s'agit d'aras bleus qui vivent au cœur de la forêt et leur chef n'est autre que le père de Perla. Blu va être confronté une nouvelle fois au fameux Hector, faisant son grand retour dans la peau d'un acteur de [[Shakespeare]] en compagnie d'une grenouille venimeuse chanteuse d'opéra nommée Gabi, et Charlie, un [[tamanoir]] danseur qui raffole de fourmis. Mais la plus grande menace est la présence de [[Bûcheron|bûcherons]] illégaux qui déforestent le territoire des oiseaux.
