علی مطهری در [[انتخابات ریاستجمهوری ایران (۱۳۹۲)]] از حامیان جدیبه جد [[هاشمی رفسنجانی]] بود. مطهری پس از عدم احراز صلاحیت [[اکبر هاشمی رفسنجانی|هاشمی رفسنجانی]]، با نوشتن نامهای خطاب به [[سید علی خامنهای]] برای تأیید صلاحیت هاشمی رفسنجانی در انتخابات، پیشنهاد استفاده از [[حکم حکومتی]] را به رهبر ایران داد.<ref>[http://www.tabnak.ir/fa/news/321103/نامه-علی-مطهری-به-رهبر-انقلاب نامه علی مطهری به رهبر انقلاب] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20131206055130/http://www.tabnak.ir/fa/news/321103/%D9%86%D8%A7%D9%85%D9%87-%D8%B9%D9%84%DB%8C-%D9%85%D8%B7%D9%87%D8%B1%DB%8C-%D8%A8%D9%87-%D8%B1%D9%87%D8%A8%D8%B1-%D8%A7%D9%86%D9%82%D9%84%D8%A7%D8%A8 |date=۶ دسامبر ۲۰۱۳}} تابناک</ref> مطهری در خصوص رد صلاحیت [[اکبر هاشمی رفسنجانی|هاشمی رفسنجانی]] که توسط [[شورای نگهبان]] به دلیل ضعف توان جسمانی [[اکبر هاشمی رفسنجانی|هاشمی رفسنجانی]] انجام شده بود، بیان کرد: «بنده پیشنهاد میکنم برای ارزیابی توان جسمی آقای [[اکبر هاشمی رفسنجانی|هاشمی]]، یک مسابقه دو صدمتر بین ایشان و آقای جلیلی و یک مسابقه کشتی بین آقای [[اکبر هاشمی رفسنجانی|هاشمی]] و آقای حداد برگزار کنند.»<ref>[http://www.baharnewspaper.com/News/92/03/04/11766.html مواجهه تند با نامههای درخواست حکم حکومتی] ''[[روزنامه بهار]]''</ref> علی مطهری با تندرو خواندن [[سعید جلیلی]]، پیروزی وی را برای ایران خسارتبار توصیف کرد.<ref>[http://www.baharnewspaper.com/News/92/03/07/12005.html مطهری: باید از پیروزی نامزد تندروها جلوگیری کرد] ''[[روزنامه بهار]]''</ref>
{{نقل قول|«آقای جلیلی، شما که از جهاد اصغر سربلند بیرون آمدهاید خوب است که در جهاداکبر هم سرافراز باشید. شما خود بهتر از هرکس دیگری میدانید که تجربه کافی و صلاحیت لازم برای ریاستجمهوری را ندارید و عدهای برای رسیدن به اهداف خود، شما را به درون صحنه هل دادهاند. «ألانسانُ عَلی نفسِه بَصیر»؛ انسان به نفس خودش آگاه است. پیشنهاد میکنم انصراف بدهید و ابزار دست دیگران واقع نشوید. انشاءالله برای دورههای بعد نامزد شوید.»}}
پس از پیروزی [[حسن روحانی]] در [[انتخابات ریاست جمهوری]]، علی مطهری از جمله سیاستمدارانی بود که این پیروزی را به حسن روحانی تبریک گفت.<ref>[http://www.parsine.com/fa/news/120211/پیام-تبریک-علی-مطهری-به-رئیس-جمهور-منتخب پیام تبریک علی مطهری به رئیسجمهور منتخب] ''پارسینه''</ref>